از آغاز حکومت طالبان بر افغانستان تا برافتادن آن در ۲۰۰۱ جمهوری اسلامی همواره مخالف طالبان باقی ماند. ایران در سال ۲۰۰۱ از برچیده شدن بساط آنان و اشغال افغانستان حمایتِ ضمنی کرد. با این حال، پس از حملۀ آمریکا به افغانستان شماری از فرماندهان و جنگجویانِ طالبان که نتوانستند خود را به پاکستان برسانند، به ایران پناهنده شدند. در آن زمان، تحلیل‌گران علت اصلیِ سازش ایران را با طالبان ترس رهبران جمهوری اسلامی از همدستیِ طالبان با جُندالله، گروه شبه نظامیِ بلوچ، می‌دانستند. اما امروز همکاری ایران را با طالبان برای جلوگیری از گسترش نفوذ داعش در افغانستان می‌دانند. پشتیبانی ایران از طالبان در هماهنگی با روسیه انجام می‌گیرد. در فوریۀ ۲۰۱۷ جان ویلیام نیکُلسون، فرمانده ارشد نیروهای آمریکایی در افغانستان، در مجلس سنای آمریکا گفت که فعالیت‌های روسیه و ایران در افغانستان در جهت تضعیفِ آمریکا و ناتو صورت می‌گیرد.