شوم‌ترین میراثِ خمینی را انزوایِ سیاسیِ ایران در جهان می‌دانند. دین شناسانی نظریۀ ولایت فقیه او را که یکی از گره‌های کور نظام جمهوری اسلامی است، بدعت دینی و فقهی می‌شمارند. خیلی‌ها اعدام‌های بی‌حسابِ اول انقلاب و فرمانِ کشتارِ هزاران زندانیِ سیاسی را در تابستانِ ۱۳۶۷ سیاه‌ترین برگِ کارنامۀ خمینی می‌دانند. شکافی که با آن خون‌ریزی‌ها میان دستگاه حکومتیِ جمهوری اسلامی و بخشی از بدنۀ جامعه گشوده شد، هرگز از میان نرفت. رشد ملی‌گرایی در ایرانِ امروز نتیجۀ پارادوُکسال یا متناقضِ ملی‌ستیزیِ خمینی و پیروانِ اوست. خمینی بسیاری از حقوق قانونی و پذیرفتۀ زنان را از آنان پس گرفت، اما زنان برای پس گرفتن حقوقِ خود به پا خاستند و چنان نیرو و شایستگی از خود نشان دادند که می‌گویند نه تنها در تاریخ ایران بلکه در تاریخ کشورهای مسلمان بی‌سابقه است.