ناصرالدین شاه که می‌خواست از نفوذ امپراتوری‌های روس و انگلیس در ایران بکاهد به دنبال گسترشِ روابط سیاسی و تجاری با قدرت‌هایِ نوظهور بود. او در ۱۸۷۸ در بازگشت از دومین سفرش به اروپا در سن‌ پترزبورگ با وزیر مختار ژاپن در روسیه و دبیر اول سفارتِ آن کشور دیدار کرد. در پی آن دیدار یک هیئت ژاپنی برای ایجاد روابط تجاری به ایران آمد. اما روابط دیپلماتیک ایران با ژاپن در سال ۱۹۲۹ در زمان پادشاهیِ رضاشاه و در دورۀ نخست وزیریِ مهدی‌قلی هدایت معروف به مخبرالسلطنه آغاز شد. در سال ۱۹۳۹ دو کشور قرارداد دوستی نیز امضا کردند. در فوریۀ ۱۹۴۵ دولت ایران زیر فشار متفقین به ژاپن اعلان جنگ کرد. روابط دیپلماتیک دو کشور در ۱۹۵۳ دوباره برقرار شد و در سال ۱۹۵۵ قرارداد دوستی دو کشور که  در ۱۹۳۹ امضا شده بود، رسماً به اجرا درآمد.