Üçüncü Mehmed 26 Mayıs 1566 da Manisa'da doğdu. Babası Üçüncü Murad annesi Safiye Sultandır. Rivayete göre adını doğum haberini çıktığı Sigetvar seferi sırasında alan büyük dedesi Kanuni Sultan Süleyman koymuştur. İlk çocukluk yıllarını babasının Saruhan Sancak Beyliğiyle bulunduğu Manisa'da geçirdi. Dedesi İkinci Selimin Padişahlığı döneminde babasının veliaht olması daha çocukluk yıllarında üzerindeki gözetimin sıklaştırılmasına yol açtı. Babasının 1574'te Padişah olup Manisa'dan ayrılışından yaklaşık bir yıl kadar sonra harem halkıyla beraber İstanbul'a getirildiğinde 9 yaşlarında bulunuyordu.