Üçüncü Murad 4 Temmuz 1546 tarihinde babası İkinci Selimin Saruhan Sancak Beyliğiyle Manisa'da bulunduğu sırada doğdu. 12. Osmanlı padişahı olan Üçüncü Murad Han Nur Banu Sultanın oğludur. Küçük yaşta iken Aydın ili sancak beyliğine tayin edildi. Babasının 1558 yılında Karamam eyaletine nakli üzerine onunla birlikte gitti ve kendisine Akşehir sancak beyliği verildi. Mart 1562 de Saruhan Sancak Beyliğine gönderildi. Padişah oluncaya kadar burada idarecilik yaptı.