בפרשת ואתחנן עוסק השפת אמת באופן נרחב בנושא התפילה. הוא דן באופן בו צריך האדם להתכונן לתפילתו, ובחובות הלכתיות שונות כמו הקדמת ק"ש ופסוקי דזמרה לתפילה, וקושר אותן למהות התפילה ולתודעתה שצריכה ללות לדעתו את המתפלל.