A história começa em numa escola de ensino médio em East Great Falls, 10 anos depois dos acontecimentos do primeiro American Pie. Rob, Nathan e Lube são três jovens amigos, virgens e infelizes. No dia de azar, Rob acidentalmente causa um incêndio na biblioteca da escola. Após as chamas baixarem ele encontra "O Livro do Amor", escrito pelo Sr. Levenstein, que os ajudaria a perder a virgindade se estivesse em perfeito estado. O livro continha diversos conselhos que já não podem mais ser lidos. Para descobrir seu conteúdo completo, os amigos entram numa divertida viagem atrás do Sr. Levenstein e dos outros autores do livro.