Salah satu kementerian yang paling banyak disorot dalam setiap periode Pemerintahan adalah Kementerian Agama. Banyak persoalan yang dihadapi berkaitan dengan pelayanan kepada masyarakat. Belum lagi Kementerian ini paling sering menjadi pemberitaan dalam kasus korupsi, bahkan pimpinan tertinggi di Kementerian ini menjadi terpidana kasus korupsi. Soal lain yang sampai hari ini selalu menjadi isu adalah toleransi beragama, dan ijin mendirikan rumah ibadah.