概要: 大阪大学・産業科学研究所・生体分子反応科学研究分野 (黒田研)・准教授の曽宮正晴さんをお招きし、エクソソームを利用したドラッグデリバリーシステムのご研究とタンパク質デザインの関わり、今後の展望などについてお聞きしました。
研究室HP 生体分子反応科学研究分野 https://www.sanken.osaka-u.ac.jp/labs/smb/
個人HP https://masaharusomiya.page/ja/
Researchmap https://researchmap.jp/masaharusomiya
X https://x.com/MasaSomiya
AlphaFold3コード: https://github.com/google-deepmind/alphafold3
TSUBAME: https://www.gsic.titech.ac.jp/en/tsubame#HowToUseTSUBAME
VRAM (GPU搭載のメモリー): https://www.lenovo.com/jp/ja/articletop/pc/vram/?srsltid=AfmBOoo8O3EemgbIWanu88bq_h4zqktYeA4VdeSy26wqrVRguF_hbZbb
RoseTTAFold-All-Atom: https://github.com/baker-laboratory/RoseTTAFold-All-Atom
Chai-1: https://github.com/chaidiscovery/chai-lab
AlphaProteo: https://deepmind.google/discover/blog/alphaproteo-generates-novel-proteins-for-biology-and-health-research/
MMseqs2: https://github.com/soedinglab/MMseqs2
Boltz-1: https://github.com/jwohlwend/boltz
LigandMPNN: https://github.com/dauparas/LigandMPNN
LigandMPNNの"--model_type "per_residue_label_membrane_mpnn" optionがCa channelデザインに使用された例: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.12.19.629320v1
Computational design of serine hydrolases: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.08.29.610411v1
ChemNet: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.09.25.614868v1 (Modeling protein-small molecule conformational ensembles with ChemNet)
ターゲットタンパク質の分解にde novoデザインされたバインダーを使った系: https://www.nature.com/articles/s41586-024-07948-2
BIOMOD: https://biomod.net/
BIOMOD Team Sendai 2024: https://sites.google.com/view/TeamSendai2024/
iGEM: https://igem.org/
TEV proteaseのデザインコンペ: https://rosettacommons.org/2024/04/19/announcing-the-winners-of-the-winter-protein-design-games-2024-unleashing-innovation-in-enzyme-engineering/
EGFRバインダーのデザインコンペ: https://design.adaptyvbio.com/
PPI prediction challenge 1 https://www.dickinsonlab.uchicago.edu/ppi-challenge
Bryan C. Dickinson https://www.dickinsonlab.uchicago.edu/
https://x.com/chembiobryan
北九州工業高等専門学校: https://www.kct.ac.jp/
Podcast濱田さん回: https://open.spotify.com/episode/4mDfBl6SoL32Qwq5k5cFxM?si=oyZutqRnRpWImz1ASv6tiQ
高速AFM: https://nanolsi.kanazawa-u.ac.jp/researcher/toshio-ando/toshio-ando-page/[0:34:25] 曽宮さん 博士課程 (黒田研)まで
黒田俊一先生: https://researchmap.jp/read0186039
HBVの抗原を提示するナノ粒子を使ったドラッグデリバリーシステムの開発: https://www.nature.com/articles/nbt843
HBV L粒子の酵母細胞における発現・精製の論文
https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/18434744/
非カチオン性のリポソームを使ってsiRNAを細胞内に送達する系:
https://doi.org/10.1016/j.ijpharm.2015.05.072
https://www.sciencedirect.com/science/article/abs/pii/S1773224721001684
Lipid nanoparticles (LNP): https://en.wikipedia.org/wiki/Lipid-based_nanoparticle
世界初のsiRNA製剤「Onpattro」 : https://onpattro.jp/[0:49:24] 曽宮さん ポスドク (落谷研)の頃
落谷孝広先生: http://tokyo-med-mcm.jp/
吉岡祐亮先生: https://researchmap.jp/yoshioka_yusuke
「伊右衛門濃いめ」でカーボンナノチューブが可溶化される論文: https://academic.oup.com/chemlett/article/36/9/1140/7386918
小林さん回: https://open.spotify.com/episode/0xn6ThYQp21jKJnRZLRKG5?si=rIeeNanaQa2gp4bY3bHL0g
“Defatted bovine milk was purchased from a local supermarket”: https://isevjournals.onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1080/20013078.2018.1440132
Shojinmeat Project: https://shojinmeat.com/?page_id=436&lang=en[1:06:39] 曽宮さん 助教 (黒田研)の頃
Split-Luciferaseの再構成でEVへのカーゴ取り込みを検出する系: https://pubs.acs.org/doi/full/10.1021/acs.analchem.1c00339
EV膜のエンドソーム膜への融合により転写活性化されるEV取り込み検出系: https://isevjournals.onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/jev2.12171[1:19:47] 曽宮さん King Labにて
De novoデザインされたナノケージをEVに内包させて動物細胞から分泌させる論文: https://www.nature.com/articles/nature20607
SNAREタンパク質: https://en.wikipedia.org/wiki/SNARE_protein
Flipped SNAREs: https://www.science.org/doi/10.1126/science.1084909
