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该文章主要对弥漫性大B细胞淋巴瘤（DLBCL）的肿瘤免疫微环境进行了多模式空间分析。通过结合空间转录组学和蛋白质组学技术对78个DLBCL肿瘤样本进行研究，文章定义了七种独特的细胞生态位（CNs），这些生态位具有独特的细胞组成和细胞间通信模式，进而影响T细胞和肿瘤B细胞的功能状态。研究发现，不同解剖部位和EB病毒（EBV）感染状态的DLBCL表现出特定的生态位分布和T细胞功能差异，例如在免疫特异部位的DLBCL中，T细胞表现出细胞毒性和功能障碍的双重特征，提示了潜在的免疫治疗靶点。

References:

• Dai Y, Kizhakeyil A, Chihara D, et al. Multi-modal spatial characterization of tumor immune microenvironments identifies targetable inflammatory niches in diffuse large B cell lymphoma[J]. Nature Genetics, 2025: 1-13.

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这篇文章介绍了名为 ctyper 的新方法，该方法利用 泛基因组 来对 拷贝数变异 (CNV) 基因进行 等位基因特异性基因分型。ctyper 通过使用 下一代测序 (NGS) 样本中的 泛基因组衍生等位基因 (PAs) 和 无比对 k-mer 计数，解决了大型研究中 CNV 基因序列变异的挑战。报告 基准测试 了 ctyper 在 CNV 和具有医学挑战性的基因上的 高准确性 和 计算效率，并展示了其在预测基因表达方面相比聚合拷贝数和已知 eQTL 位点的 显著改进。研究人员利用 ctyper 发现 CNV 在全球人群中表现出 群体特异性多样性，并确定了 旁系同源基因表达分化 的实例，例如 SMN 基因 和 AMY2B 易位 基因。

References:

• Ma W, Chaisson M J P. Genotyping sequence-resolved copy number variation using pangenomes reveals paralog-specific global diversity and expression divergence of duplicated genes[J]. Nature Genetics, 2025: 1-11.

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这篇文章主要聚焦于食管鳞状细胞癌（ESCC）转移的机制研究，特别强调肿瘤微环境（TME）中一种名为GPR116+周细胞的亚群。通过多组学技术，研究人员发现GPR116+周细胞在转移性癌症中数量显著增加，并表现出最强的对外发送信号，尤其与癌细胞的相互作用最为密切。此外，研究确定转录因子 PRRX1 驱动了这种促转移性GPR116+周细胞的分化，而这些细胞通过分泌 EGFL6 蛋白，结合癌细胞上的 整合素 β1，进而激活NF-κB信号通路，促进癌症的上皮-间质转化（EMT）和转移。最后，该研究还发现GPR116+周细胞具有免疫抑制特性，并提出联合使用整合素 β1 抑制剂（如volociximab或ATN-161）和αPD-1检查点抑制剂，可作为治疗晚期ESCC的有效联合疗法。

References:

• Pei X, Liu Z, Tang L, et al. Single-cell multi-omic and spatial profiling of esophageal squamous cell carcinoma reveals the immunosuppressive role of GPR116+ pericytes in cancer metastasis[J]. Nature Genetics, 2025, 57(10): 2494-2508.

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这篇文章介绍了他们开发的一种名为MARLIN 的新框架，该框架利用全基因组DNA甲基化分析和人工神经网络，实现了对急性白血病的快速、准确分类。研究人员首先建立了一个包含 2,540 个样本的综合参考队列，并定义了 38 个甲基化类别，这些类别通常与传统的病理分类和遗传特征相符，同时揭示了疾病的更多异质性。通过将MARLIN分类器与纳米孔测序技术结合，研究显示可以在数小时内对疑似急性白血病患者进行分类，在回顾性和前瞻性队列中均表现出高准确性，从而有望补充并改进标准护理诊断流程。

References:

• Steinicke T L, Benfatto S, Guerra M R C, et al. Rapid Epigenomic Classification of Acute Leukemia[J]. Blood, 2024, 144: 273.

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这篇研究通过对 123 个新测序的苔藓植物基因组进行全面的超级泛基因组分析，揭示了苔藓植物在经历五亿年进化后，其基因家族多样性显著高于维管植物。研究发现，苔藓植物的基因组进化主要由持续的新基因创新和微生物基因的水平转移驱动，这赋予了苔藓植物丰富的遗传工具包。这些独特的进化机制可能解释了苔藓植物在各种栖息地（包括极端环境）中的生态适应性和长期成功。该论文强调了新测序的苔藓植物基因组对于探索陆地生存替代进化策略的宝贵价值。

References:

• Dong S, Wang S, Li L, et al. Bryophytes hold a larger gene family space than vascular plants[J]. Nature Genetics, 2025: 1-8.

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这篇研究文章探讨了基于电子健康记录（EHR）的表型风险评分（PheRS）与多基因评分（PGS）在预测疾病发病风险方面的可推广性和准确性。研究人员利用芬兰（FinnGen）、英国（UKB）和爱沙尼亚（EstB）三个生物样本库的超过八十万个体数据，构建并比较了预测 13 种常见疾病发病风险的模型。关键发现表明，PheRS 模型在不同医疗系统之间具有良好的通用性，并且与 PGS 捕获了大致独立的信息，将两者结合使用可以提高疾病风险预测的准确性。文章讨论了 EHR 数据作为预测工具的优势和挑战，特别是其与遗传数据相结合以改善疾病早期干预的潜力。

References:

• Detrois K E, Hartonen T, Teder-Laving M, et al. Cross-biobank generalizability and accuracy of electronic health record-based predictors compared to polygenic scores[J]. Nature Genetics, 2025: 1-10.

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这篇文章调查了ERG驱动的前列腺癌（PCa）是如何发生的。作者们使用谱系追踪和单细胞分析等方法，发现ERG转位引起的前列腺癌并非起源于常见的腔细胞，而是起源于一种罕见的、共同表达腔细胞基因的基底细胞亚群（BasalLum细胞）。这些BasalLum细胞在ERG激活后，会发展成高度增殖的中间细胞（IM cells），这种状态与较差的预后相关，并最终分化为典型的腔腺癌。重要的是，研究确定了STAT3、KMT2A/MLL1和DOT1L是ERG驱动肿瘤发生所必需的因子，揭示了潜在的治疗靶点。

References:

• Feng W, Ladewig E, Lange M, et al. ERG-driven prostate cancer initiation is cell-context dependent and requires KMT2A and DOT1L[J]. Nature Genetics, 2025: 1-15.

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这篇文章详细介绍了对源自人类肠道的温和噬菌体进行分离、工程改造和生态学研究。研究人员表征了 134 种可诱导的前噬菌体，这些噬菌体来自 252 种人类肠道细菌分离株，旨在增强对噬菌体-宿主相互作用的功能理解。值得注意的是，实验发现仅有少数计算预测的前噬菌体可以被诱导，并且在与人类结肠细胞（Caco2）共培养的合成微生物组中，人类宿主相关产物可能作为前噬菌体诱导剂。研究还表明，多溶源性很常见，并且非功能性整合和切除基因中的突变是前噬菌体失活并被困于宿主基因组内的遗传途径。总而言之，该研究强调了培养技术、实验验证和基因组学在理解肠道微生物组中温和噬菌体的生物学和功能方面的重要性。

References:

• Dahlman S, Avellaneda-Franco L, Rutten E L, et al. Isolation, engineering and ecology of temperate phages from the human gut[J]. Nature, 2025: 1-8.

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这篇研究报告探讨了皮肤毛细血管相关巨噬细胞（CAMs）的特定类型巨噬细胞如何随年龄增长而选择性减少，以及这种减少如何导致小鼠和人类皮肤毛细血管老化和组织灌注受损。研究人员使用活体双光子显微镜发现，与表皮和下真皮巨噬细胞不同，上真皮的CAMs数量不足以通过局部增殖或重新分布来维持，导致巨噬细胞稀缺的血管微环境。此外，功能实验证明CAMs的吞噬活动对于清除血管碎片和修复毛细血管血流阻塞至关重要，而缺乏CAMs的区域则易受损伤。最后，研究表明通过施用巨噬细胞生长因子（CSF1）在老年小鼠中局部增加CAMs数量，可以有效恢复毛细血管修复率，这暗示了针对巨噬细胞更新的干预措施可能有助于抗击组织老化。

References:

• Mesa K R, O’Connor K A, Ng C, et al. Niche-specific dermal macrophage loss promotes skin capillary ageing[J]. Nature, 2025: 1-9.

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这篇文章详细描述了一项利用基质辅助激光解吸/电离成像质谱 (MALDI-IMS) 和深度学习人工智能 (MET-MAP) 的综合实验-计算工作流程，以绘制小鼠肝脏和小肠中的空间代谢梯度。研究人员发现，在肝小叶和肠绒毛中，超过 90% 的测量代谢物显示出显著的浓度梯度，并结合同位素示踪来追踪代谢活动的区域变化，例如谷氨酰胺和乳酸在三羧酸（TCA）循环中的贡献。一个关键发现是，膳食糖果糖会导致肝脏中央静脉周围区域的三磷酸腺苷（ATP）耗尽，突出了这种定位如何影响代谢紊乱。总的来说，这项工作提供了关于肠道和肝脏代谢组织的基础知识，并确定了果糖引起的焦点代谢异常。

References:

• Samarah L Z, Zheng C, Xing X, et al. Spatial metabolic gradients in the liver and small intestine[J]. Nature, 2025: 1-9.

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