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这篇文章介绍了 THREADS，这是一个用于肿瘤病理学的新的基础模型，旨在解决计算病理学中数据稀疏性的挑战。THREADS 是一个通用编码器模型，通过多模态对比学习进行预训练，利用 下一代测序获得的分子图谱 来指导幻灯片表示学习。作者集合了迄今为止最广泛的多模态训练数据集 MBTG-47K（包含超过 47,000 个样本），并将 THREADS 的性能与多个基线模型进行了比较，显示其在 癌症分级、突变预测、IHC 状态预测、治疗反应和生存预测 等 54 项任务中的优越性能和鲁棒性。研究强调，这种分子引导的预训练策略能够捕获组织形态学的生物学和临床相关信息，并且 THREADS 模型在规模上比现有模型 更小且参数效率更高，但仍能提供更好的结果。

References:

• Vaidya, A., et al. "Molecular-Driven Foundation Model for Oncologic Pathology. arXiv 2025." arXiv preprint arXiv:2501.16652.

这篇文章研究了 IL-25 诱导的 2 型天然淋巴细胞（ILC2s） 如何在小肠中建立并维持长期的 粘膜免疫。研究人员发现，IL-25 治疗能够导致小肠的持续适应性变化，这种适应性是通过具有 效应记忆特性 的 ILC2s 来维持的。这些 效应记忆 ILC2s 与增强对各种粘膜病原体的抵抗力有关，并且在 没有警报素（alarmins）或 簇状细胞（tuft cells）的情况下依然能保持其激活状态和功能。通过单细胞 RNA 测序和 ATAC 测序，文章揭示了这些 ILC2s 具有独特的 转录和表观遗传特征，并证明了它们在保护宿主免受蠕虫和细菌感染中的关键作用。

References:

• Cortez, Victor S., et al. "IL-25-induced memory type 2 innate lymphoid cells enforce mucosal immunity." Cell (2025).

这篇文章概述了蠕动脂肪（CF）在克罗恩病（CD）导致的肠道狭窄中的作用。研究人员发现，一种促纤维化、机械敏感的CTHRC1+成纤维细胞群源自蠕动脂肪，并通过YAP/TAZ信号传导促进肠道纤维化。通过结合人类单细胞图谱和小鼠模型，该研究确定了这些成纤维细胞是纤维化的关键来源，并提出通过靶向蠕动脂肪来治疗克罗恩病狭窄的可能性。

References:

• Bauer-Rowe, Khristian E., et al. "Creeping fat-derived mechanosensitive fibroblasts drive intestinal fibrosis in Crohn’s disease strictures." Cell (2025).

这篇文章深入研究了星形胶质细胞的超微结构及其与神经元突触的相互作用，超越了传统的“三方突触”概念，提出了“三方突触网络”的新模型。研究使用聚焦离子束/扫描电子显微镜 (FIB-SEM)和双光子钙成像技术，揭示了星形胶质细胞的“小叶”（leaflets）区域通过缝隙连接形成相互连接的结构域，并富含表达IP3受体的微小内质网（i-ER）。这些小叶域能够整合来自多个独立突触回路的信号，并响应突触活动产生依赖于IP3R1的钙信号，表明星形胶质细胞在神经信息处理中起着时空整合和协调者的作用。

References:

• Benoit, Lucas, et al. "Astrocytes functionally integrate multiple synapses via specialized leaflet domains." Cell (2025).

这份研究利用基于抗体的空间蛋白质组学和3D共聚焦成像技术，对人类初级纤毛的715种蛋白质进行了定位，揭示了初级纤毛在不同细胞类型和单个纤毛中存在的广泛异质性。研究发现了纤毛内的空间微域，确定了69%的纤毛蛋白具有细胞类型特异性，并确认了91种新型纤毛蛋白，其中CREB3被认为是纤毛病候选基因。该研究最终建立了一个开放的、具有空间信息的纤毛图谱，以促进纤毛和纤毛病的研究。

References:

• Hansen, Jan N., et al. "Intrinsic heterogeneity of primary cilia revealed through spatial proteomics." Cell (2024).

这篇文章详细介绍了一项针对帕金森病（PD）患者进行的人胚胎干细胞（hESC）衍生多巴胺祖细胞（A9-DPC）移植的单中心、开放标签、剂量递增的I/IIa期临床试验。研究的主要发现是，将高纯度A9-DPC移植到双侧壳核是安全且耐受性良好的，在12个月的随访期内没有出现肿瘤形成或细胞过度生长等严重不良事件。探索性疗效结果表明，运动症状有所改善，尤其是在高剂量组，这与多巴胺转运蛋白（DAT）结合增加的PET成像结果相一致，表明移植物存活并具有功能整合的潜力。尽管样本量较小且缺乏对照组，研究者认为这些结果支持细胞替代疗法作为PD的潜在治疗方法，并呼吁未来进行更大规模、双盲的对照试验。

References:

• Chang, Jin Woo, et al. "Phase 1/2a clinical trial of hESC-derived dopamine progenitors in Parkinson’s disease." Cell (2025).

这篇综述文章探讨了 RNA 剪接失调与癌症特征之间的密切关系。文章详细解释了异常剪接如何成为几乎所有肿瘤类型的分子特征，这种改变源于复发性突变和反式作用因子表达的改变，从而促进肿瘤发生。作者随后讨论了异常剪接如何通过影响细胞增殖、凋亡、转移、化疗抵抗和免疫逃逸等“癌症的标志”来驱动癌症发展。最后，文章回顾了针对剪接机制（如SF3B1 抑制剂和剪接因子靶向）以及特定剪接异构体（如利用反义寡核苷酸）的现有和新兴癌症治疗方法。

References:

• Bradley, Robert K., and Olga Anczuków. "RNA splicing dysregulation and the hallmarks of cancer." Nature Reviews Cancer 23.3 (2023): 135-155.

这篇综述文章重点介绍了髓母细胞瘤（MB），这是一种常见的儿童中枢神经系统恶性肿瘤。文章概述了自首次下一代测序研究以来，通过大规模基因组学、表观基因组学、转录组学和蛋白质组学分析所获得的分子和生物学见解，详细阐述了MB的四种公认分子亚组（WNT、SHH、Group 3 和 Group 4）及其进一步细分。此外，它探讨了肿瘤内异质性、复发和转移的分子机制，并讨论了这些分子发现如何转化为改进的风险分层和分子靶向治疗等新兴临床应用，强调了进行细致的临床前和分子测试的重要性。

References:

• Hovestadt, Volker, et al. "Medulloblastomics revisited: biological and clinical insights from thousands of patients." Nature Reviews Cancer 20.1 (2020): 42-56.

这篇文章详细介绍了一项关于人类肠道内温和噬菌体的广泛研究，温和噬菌体是整合到细菌基因组中的病毒。研究人员通过使用252个细菌分离株和10种不同的诱导条件，包括人类结肠细胞（Caco2）产物，对134个可诱导的原噬菌体进行了表征。一个关键发现是，只有一小部分（18%）计算预测的原噬菌体在纯培养中被诱导，但在合成微生物群落与人类细胞共培养时，诱导率增加到35%，这表明人类宿主相关因子可能作为诱导触发因素。此外，研究确定了整合和切除基因中的非功能性突变是原噬菌体失活或“驯化”的潜在遗传途径，并发现多溶原性（宿主携带多个可诱导原噬菌体）与更高的诱导机会相关。

References:

• Dahlman, S., Avellaneda-Franco, L., Rutten, E. L., Gulliver, E. L., Solari, S., Chonwerawong, M., ... & Barr, J. J. (2025). Isolation, engineering and ecology of temperate phages from the human gut. Nature, 1-8.

这篇文章研究了转录因子OTX2在恶性小儿脑瘤3组髓母细胞瘤 (MB) 中的非经典作用。研究发现，OTX2通过蛋白质相互作用与剪接调节复合物（LASR）结合，调节一种干细胞剪接程序，从而促进肿瘤进展。具体而言，OTX2调节替代剪接事件，特别是早期谱系基因 PPHLN1 和晚期谱系基因 MADD 的剪接变体，这些变体与肿瘤的干细胞状态和恶性亚型相关。实验结果表明，靶向 PPHLN1 剪接可以抑制体外肿瘤球生长并延长体内小鼠的生存期，这表明 OTX2 介导的替代剪接是潜在的治疗靶点。

References:

• Saulnier O, Zagozewski J, Liang L, et al. A group 3 medulloblastoma stem cell program is maintained by OTX2-mediated alternative splicing[J]. Nature Cell Biology, 2024, 26(8): 1233-1246.