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该研究探索了髓母细胞瘤 (MB)，特别是常见的第 4 组 (G4) MB 的起源，这是一种恶性小儿脑瘤。 研究人员发现，G4 MB 的发生与人类菱脑唇 (RL) 分化失败有关，这与小鼠等其他哺乳动物的发育过程存在差异。 遗传变异，例如影响 核心结合因子 alpha (CBFA) 复合物的突变和 OTX2 基因的表达改变，阻止了 RL 祖细胞的正常分化，导致 G4 MB 的形成。 这种对人类特有的 RL 扩展和祖细胞的易感性，表明了人类在进化过程中可能对这种癌症存在易感性。

References:

• Hendrikse L D, Haldipur P, Saulnier O, et al. Failure of human rhombic lip differentiation underlies medulloblastoma formation[J]. Nature, 2022, 609(7929): 1021-1028.

这篇文章重点研究OTX2-PAX3 信号轴如何调控第 3 组髓母细胞瘤的细胞命运。研究表明，OTX2 是一种强效癌基因，通过抑制神经分化和调控染色质结构来促进肿瘤生长，而PAX3 和 PAX6的低表达与患者生存率降低相关。文章通过多组学和体外体内实验发现，OTX2 沉默会增加 PAX3 表达并降低 mTORC1 信号活性，PAX3 的过表达也能显著抑制肿瘤发生和延长生存期。这些发现提示，mTORC1 信号通路与未分化的干细胞/祖细胞程序相关，且可能是治疗这种高侵袭性儿童脑瘤的潜在靶点。

References:

• Zagozewski J, Shahriary G M, Morrison L C, et al. An OTX2-PAX3 signaling axis regulates Group 3 medulloblastoma cell fate[J]. Nature Communications, 2020, 11(1): 3627.

这篇文章介绍了基于对 274,241名英国生物样本库（UK Biobank）参与者 的分析所建立的人体代谢组-表型图谱。这项研究系统性地描绘了血浆代谢物与 1,386种疾病以及 3,142种健康特征之间的关联，中位随访时间达14.9年。研究发现了数万个代谢物-疾病和代谢物-特征关联，并利用机器学习建立代谢风险评分（MetRS）来预测和分类多种疾病。此外，通过孟德尔随机化和共定位分析，研究者确定了 454对潜在的因果代谢物-疾病关联，其中大部分具有共同的遗传决定因素。该图谱作为一个开放获取的互动工具，旨在推动精准医学和生物标志物的发现。

References：

• You J, Cui X H, Chen Y L, et al. Mapping the plasma metabolome to human health and disease in 274,241 adults[J]. Nature Metabolism, 2025: 1-19.

这份研究文章总结主要介绍了脂肪组织巨噬细胞（ATMs）的亚组织定位与其功能的关系，特别聚焦于分隔巨噬细胞（sATMs）。研究人员确定了三种不同的ATM群组——实质性（pATMs）、囊性（cATMs）和分隔性（sATMs），并发现sATMs（由CD209b和LYVE1标记）驻留在白色脂肪组织（WAT）的间隔中，靠近脂肪细胞干细胞（ASCs）。通过转化生长因子-β1 (TGFβ1) 信号传导，这些sATMs指导ASCs分化为储存能量的白色脂肪细胞，从而限制产热潜力。实验证明，去除或功能性失活sATMs会使ASCs转向米色脂肪生成，增强能量消耗，并预防饮食诱导的肥胖和胰岛素抵抗，这表明靶向sATM–TGFβ1–ASC轴可能是一种治疗代谢性疾病的策略。

References：

• Yu X, Hu Y, Lim H Y, et al. Septal LYVE1+ macrophages control adipocyte stem cell adipogenic potential[J]. Science, 2025, 389(6763): eadg1128.

这篇文章利用长读长单细胞核RNA测序（snNanoRNAseq）技术，全面绘制了成年人心脏及其衰竭状态下的剪接异构体图谱。研究人员深入分析了健康和心力衰竭（HF）患者左心室中不同细胞类型（尤其是心肌细胞）的全长异构体异质性和使用模式。核心发现是，异构体多样性在心脏细胞系统中普遍存在，不仅作为一种转录后缓冲系统来校准分子储备，而且在心力衰竭中，许多基因表现出显著的差异异构体使用（DIU）变化，这些变化通常会改变蛋白质编码结果，揭示了剪接调控在心脏疾病发病机制中的关键作用。这些详细的细胞特异性异构体数据作为一个重要的参考资源，有助于未来的转化和机制研究，并通过一个在线数据门户供公众查阅。

References:

• Pan T, Lu L, Youker K, et al. Single-Cell Splicing Isoform Atlas of the Adult Human Heart and Heart Failure[J]. Circulation, 2025.

这篇文章介绍了 CellPhenoX，这是一种用于单细胞多组学数据的可解释机器学习方法，旨在预测临床表型。该方法通过整合分类模型和可解释人工智能（XAI）技术（如 SHAP 值），生成 可解释的细胞特异性分数，以识别与临床结果相关的细胞群体和相互作用效应。文章详细描述了CellPhenoX的方法论，包括如何使用邻域丰度矩阵（NAM）和降维技术来预测临床表型，同时纳入协变量和相互作用项。通过在模拟数据集、COVID-19单细胞蛋白质组学和溃疡性结肠炎纤维母细胞转录组学数据集上的应用，该研究展示了 CellPhenoX 在检测疾病相关细胞(包括稀有细胞类型和 性/年龄等相互作用效应)方面的卓越性能，并将其表现与现有方法（如 CNA 和 MiloR）进行了比较。

References:

• Young J, Inamo J, Caterer Z, et al. CellPhenoX: An eXplainable Cell-specific machine learning method to predict clinical Phenotypes using single-cell multi-omics[J]. bioRxiv, 2025.

这篇文章详述了一项针对肿瘤相关三级淋巴结构 (TA-TLSs) 的泛癌症空间转录组学研究，旨在解析其细胞特征、空间组织和成熟机制。研究团队通过分析不同成熟阶段（淋巴聚集体、原发滤泡样和继发滤泡样）的TA-TLSs，发现IgG + 浆细胞在成熟的TA-TLSs中富集。他们识别出 CCL19 + 血管周细胞可能作为淋巴组织组织者细胞，促进TA-TLSs的形成，并通过实验证明动脉内皮细胞能够获得高内皮微静脉（HEV）样表型，这与Notch信号通路的抑制有关。这些发现全面剖析了TA-TLSs的细胞组成，并提出了潜在的治疗靶点，旨在将免疫冷的肿瘤转化为免疫原性肿瘤。

References:

• Li X, Chu X, Xu W, et al. Integrated spatial transcriptomic profiling to dissect the cellular characteristics of tumor-associated tertiary lymphoid structures[J]. Cell Reports, 2025, 44(9).

这篇文章介绍了 ROSIE，这是一个深度学习框架，旨在通过计算方法从 苏木精和伊红 (H&E) 组织病理学图像 生成多重免疫荧光 (mIF) 染色结果。 H&E 染色是一种经济实惠且常用的方法，但它不能直接提供特定的分子标记信息，而 mIF 染色技术（例如 CODEX）虽然提供了丰富的组织微环境信息，但成本高昂且耗时。 ROSIE 通过在一个包含超过 1300 个配对 H&E 和 mIF 样本的 大规模数据集 上进行训练，能够从 H&E 图像中推算出数十种蛋白质的表达和定位。 验证结果表明，ROSIE 预测的生物标记物可以有效地识别细胞表型，例如区分 H&E 染色难以辨认的淋巴细胞亚型（如 B 细胞和 T 细胞），从而有可能 增强标准的组织病理学实践 在癌症研究中的诊断和研究潜力。

References:

• Wu E, Bieniosek M, Wu Z, et al. ROSIE: AI generation of multiplex immunofluorescence staining from histopathology images[J]. Nature Communications, 2025, 16(1): 7633.

这篇文章详细介绍了利用多模式分析框架对人头颈部鳞状细胞癌（HNSCC）中T细胞的克隆性、表型和空间定位进行单细胞分辨率分析。研究人员整合了高维流式细胞术、单细胞RNA和TCR测序以及空间转录组学，特别是空间解析的TCR谱分析，以揭示T细胞在肿瘤微环境（TME）中的组织原理。关键发现包括T细胞表型（如干细胞样或耗竭状态）与其空间位置（如富含免疫的生态位或肿瘤密集区域）之间存在关联，表明局部环境线索而非仅克隆身份决定了T细胞的功能和分化。该研究还建立了一个通用平台，用于在实体瘤中进行空间解析的、抗原特异性T细胞谱分析。

References:

• McCord K A, Kan E, Hyslop S, et al. Single-cell, Spatially-Resolved TCR Profiling Links T Cell Phenotype and Clonality in Human Tumors[J]. BioRxiv, 2025: 2025.08. 06.668925.

这份研究概述了一项关于肉瘤样肾细胞癌 (sRCC) 复杂肿瘤免疫微环境的全面研究，这种癌症类型虽然侵袭性极高，但对免疫检查点阻断疗法 (ICB) 却表现出异常的敏感性。文章通过单细胞和空间分析，揭示了sRCC中T细胞的活化和衰竭状态增加，以及三级淋巴结构 (TLS) 的普遍存在。研究进一步证明，sRCC 中B细胞成熟和抗肿瘤体液免疫活动增强，同时还发现了一个与铁代谢相关的潜在脆弱性。最重要的是，作者们提出了一个“基因组去分化特征 (GDS)”转录组特征，该特征虽然预示着较差的预后，但在多个队列和肿瘤类型中都可预测患者对ICB治疗的积极反应。

References:

• Salgia N J, Khan A, Aubrecht W M, et al. Comprehensive tumor-immune profiling reveals mediators of paradoxical immune sensitivity in sarcomatoid renal cell carcinoma[J]. Cancer Cell, 2025.