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这篇文章详细介绍了TriPath，这是一个用于分析3D病理学样本的深度学习平台，旨在预测临床结果，特别是前列腺癌的生化复发。该研究强调，利用3D组织体积 进行预后分析，例如使用开放式光片显微镜 (OTLS) 或微型计算机断层扫描 (microCT) 采集的图像，优于传统的2D切片 方法和病理学家基线，因为它能更好地捕获 组织异质性 并减轻 采样偏差。TriPath采用弱监督学习方法，无需详细的手动注释即可处理巨大的千兆体素数据集，并提供可解释性工具来识别与风险相关的3D形态学特征，从而展示了计算3D病理学在临床应用中的巨大潜力。

References:

• Song A H, Williams M, Williamson D F K, et al. Analysis of 3D pathology samples using weakly supervised AI[J]. Cell, 2024, 187(10): 2502-2520. e17.

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这篇文章介绍并验证了 PathoPlex，这是一个可扩展且可解释的框架，用于在亚细胞分辨率下对甲醛固定石蜡包埋 (FFPE) 标本进行 高多重成像。PathoPlex 结合了基于循环免疫荧光成像 的通用实验方案和spatiomic这一开源软件库，后者专注于像素级蛋白质共表达模式分析。该方法旨在克服现有空间生物学技术的局限性，例如设备依赖性、抗体组大小限制以及空间分辨率不足，提供了一个无需商业设备且具备自动化功能的解决方案。通过对肾脏疾病（包括小鼠模型和人类糖尿病肾病）的应用，该研究展示了PathoPlex在识别与疾病相关的生物学特征方面的效用，并将其用于药物和生物标志物的发现。

References:

• Kuehl M, Okabayashi Y, Wong M N, et al. Pathology-oriented multiplexing enables integrative disease mapping[J]. Nature, 2025: 1-11.

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这篇文章详细介绍了一项基于成像质谱流式细胞术 (IMC) 对三阴性乳腺癌（TNBC）肿瘤的空间单细胞图谱分析研究。作者通过识别基底腔细胞表型和CD8+ T 细胞空间相互作用模式，建立了一种新的乳腺癌分层系统，旨在提高对疾病复发风险的预测。研究发现，具有干细胞样特征的基底腔肿瘤细胞（表达 CK5 和 CK7）与疾病快速复发相关，而具有炎症性 CD8+ T 细胞环境的肿瘤则预示着更好的预后和免疫治疗响应率。最终，该研究整合这些特征提出了五种乳腺癌亚型和三种风险组，为 TNBC 的临床分型和治疗提供了新的指导方向。

References:

• Meyer L, Jackson H W, Eling N, et al. A stratification system for breast cancer based on basoluminal tumor cells and spatial tumor architecture[J]. Cancer Cell, 2025, 43(9): 1637-1655. e9.

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这篇文章对循环肿瘤细胞（CTCs）进行了全面的综述，CTCs是转移性癌症扩散的关键介质，可通过液体活检进行检测。文章讨论了CTCs的分子生物学特性及其临床应用潜力，重点介绍了用于CTCs富集和单细胞分析的技术进步，例如使用大血容量（如白细胞分离术）结合先进的微流控设备。尽管CTCs在某些临床应用中已被循环肿瘤DNA（ctDNA）超越，但新的技术和生物学见解正在重新确立CTCs在肿瘤异质性评估、免疫疗法指导以及早期癌症诊断中的重要性，有望提供与ctDNA互补的诊断作用。

References:

• Dai C S, Mishra A, Edd J, et al. Circulating tumor cells: Blood-based detection, molecular biology, and clinical applications[J]. Cancer Cell, 2025, 43(8): 1399-1422.

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这篇研究介绍了一项关于增强癌症免疫疗法的新策略。 研究人员开发了一种名为 TFF2-MSA 的 CXCR4 部分激动剂肽，并发现它能有效地使小鼠胃癌对抗PD-1免疫疗法敏感。 这种联合疗法通过靶向并减少免疫抑制性中性粒细胞 (PMN-MDSCs) 和癌症驱动的粒细胞生成，从而在肿瘤微环境中激活强大的抗肿瘤CD8+T细胞反应。 值得注意的是，TFF2-MSA的作用优于完全的 CXCR4拮抗剂，并且在胃癌患者中，较低的TFF2水平与CXCR4+LOX-1+ PMN-MDSCs 的升高有关，这突显了该策略的潜在临床意义。 总体而言，这项研究提出了一种通过精细调节CXCR4信号来克服中性粒细胞介导的免疫抑制，进而提高免疫治疗效果的方法。

References:

• Qian J, Ma C, Waterbury Q T, et al. A CXCR4 partial agonist improves immunotherapy by targeting immunosuppressive neutrophils and cancer-driven granulopoiesis[J]. Cancer Cell, 2025.

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这篇文章介绍了名为 Stereo-seq V2 的先进空间转录组学技术。该技术专为对福尔马林固定、石蜡包埋 (FFPE) 样本进行高分辨率总RNA空间定位而设计，这些样本是临床实践中常见但难以进行高质量 RNA 分析的样本。Stereo-seq V2采用随机引物捕获策略，与仅针对聚腺苷酸（poly(A)）尾巴的技术相比，能够实现无偏性转录本捕获和全基因体覆盖，从而能更有效地分析非编码 RNA (ncRNA) 和免疫受体库。这项创新使得该技术能够同时分析宿主和病原体的转录组，并在三阴性乳腺癌 (TNBC) 和结核病 (TB) 患者的临床FFPE样本中，以单细胞分辨率识别肿瘤相关剪接事件和空间免疫克隆动态。研究结果强调了Stereo-seq V2在生物医学研究和 个性化医疗 中的巨大潜力。

References:

• Zhao Y, Li Y, He Y, et al. Stereo-seq V2: Spatial mapping of total RNA on FFPE sections with high resolution[J]. Cell, 2025.

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这篇文章对数字病理学中的基础模型（FM）进行了系统性调查，重点关注其对非生物技术特征（如扫描仪或染色差异）的鲁棒性。作者提出了 PathoROB 基准，包含三个新指标（如鲁棒性指数）和四个多中心数据集，旨在量化和评估20个现有FM的鲁棒性缺陷。研究发现，FM鲁棒性不足会导致诊断下游任务中出现重大错误，即“巧手汉斯”学习问题，进而妨碍临床安全采用。该工作还提出了 FM 鲁棒化框架，包括图像空间、表示空间和训练鲁棒化方法，以减轻这些缺陷，并强调鲁棒性评估和集成必须成为未来 FM 设计的核心原则。

References:

• Kömen J, de Jong E D, Hense J, et al. Towards Robust Foundation Models for Digital Pathology[J]. arXiv preprint arXiv:2507.17845, 2025.

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这篇评论文章深入探讨了干扰素 (IFN) 在健康和疾病中的基本作用，干扰素是具有保护和致病作用的信号蛋白。文章详细介绍了I 型、II 型和 III 型干扰素的结构、功能和受体，尽管它们不同，但都通过 Janus 激酶网络进行信号传导。作者概述了调控 IFN 诱导和反应的细胞和分子机制，强调了它们在感染、肿瘤发生、自身免疫、炎症和遗传疾病中的作用，特别是在粘膜组织中。总体而言，该文本侧重于平衡的 IFN 家族成员产生对于保护功能至关重要，而这种平衡的丧失可能导致各种病理后果，包括被称为干扰素病的疾病。

References:

• Boehmer D, Zanoni I. Interferons in health and disease[J]. Cell, 2025, 188(17): 4480-4504.

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这篇文章深入探讨了线粒体的内共生起源如何使其成为细胞内信号传导的关键枢纽，特别是与炎症和免疫反应相关联。文章指出，线粒体保留的细菌特征（如未甲基化的DNA和某些蛋白质）通常被细胞隔离，但当这种内共生关系破裂时，这些线粒体因子释放到细胞质中，就会触发免疫反应和炎症。文章提出了一个中心假说：环境因素（如肥胖和饮食变化）引起的线粒体功能障碍和信号失调，可能是炎症和自身免疫性疾病发病率上升的关键原因，从而为开发新的治疗方法提供了理论基础。

References:

• Murphy M P, O’Neill L A J. A break in mitochondrial endosymbiosis as a basis for inflammatory diseases[J]. Nature, 2024, 626(7998): 271-279.

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这篇文章提供了一篇关于自然杀伤（NK）细胞疗法的全面综述，重点介绍了其在癌症免疫治疗中的应用和潜力。文章详细探讨了NK细胞的生物学特性，包括其作为先天免疫系统淋巴细胞的能力，以及识别和清除受压细胞（尤其是肿瘤细胞和受病毒感染细胞）的功能。它还分析了NK细胞治疗的各种策略，包括使用免疫检查点抑制剂、NK细胞衔接器（NKCEs），以及输注经过预活化或基因工程改造的自体或异体NK细胞产品。最后，该综述强调了NK细胞疗法在治疗血液系统恶性肿瘤方面取得的进展，并指出了优化其对实体瘤的疗效所面临的挑战和未来方向。

References:

• Vivier E, Rebuffet L, Narni-Mancinelli E, et al. Natural killer cell therapies[J]. Nature, 2024, 626(8000): 727-736.

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