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这篇文章讨论了未成熟嗜中性粒细胞在骨转移性肿瘤微环境中的关键作用，及其对抗肿瘤免疫和免疫检查点阻断（ICB）治疗的阻碍。研究发现，DKK1通过DKK1-CKAP4-STAT6-CHI3L3信号通路诱导嗜中性粒细胞呈现未成熟和免疫抑制状态，从而抑制CD8+ T细胞的活化和抗肿瘤功能。通过阻断DKK1，可以促进嗜中性粒细胞成熟，改善免疫微环境，减少肿瘤负荷，并显著增强ICB治疗在骨转移中的疗效。这些发现为骨转移的新型免疫治疗策略提供了依据。

References:

• Shi T, Liu W, Luo Y, et al. CHI3L3+ immature neutrophils inhibit anti-tumor immunity and impede immune checkpoint blockade therapy in bone metastases[J]. Cancer Cell, 2025.

这篇文章介绍了一款名为 TrimNN 的深度学习框架，它旨在通过识别 细胞群落 (CC) 基序 来分析复杂组织中的细胞空间组织。TrimNN 采用 自下而上 的方法，利用 三角剖分 来识别不同大小的保守空间细胞组织模式。与传统的聚类方法不同，TrimNN 能够提供 可解释的拓扑信息，揭示细胞类型模式与疾病表型之间的关键关联。研究人员利用 TrimNN 在结直肠癌和阿尔茨海默病等多种空间组学案例中，成功识别了与疾病进展和患者预后相关的细胞基序，证明了其在理解疾病机制和发现潜在生物标志物方面的 强大能力。

References:

• Yu Y, Wang S, Li J, et al. TrimNN: Characterizing cellular community motifs for studying multicellular topological organization in complex tissues[J]. Research Square, 2025: rs. 3. rs-5584635.

这项研究介绍了一个名为 OpenCell 的综合性项目，旨在绘制人类细胞组织图谱。研究团队利用 CRISPR 基因编辑技术，构建了一个包含1310个荧光标记细胞系的文库，用于追踪特定蛋白质。通过结合活细胞成像和免疫沉淀-质谱分析 (IP-MS)，他们生成了一个大规模数据集，详细描绘了这些蛋白质在细胞内的定位和相互作用。该研究强调了蛋白质空间分布与功能的高度相关性，并揭示了RNA 结合蛋白独特的组织特征。最终，OpenCell 提供了一个交互式在线资源，以促进对人类蛋白质组架构的进一步探索。

References:

• Cho N H, Cheveralls K C, Brunner A D, et al. OpenCell: Endogenous tagging for the cartography of human cellular organization[J]. Science, 2022, 375(6585): eabi6983.

这项研究介绍了一个名为 DOLPHIN 的深度学习框架，该框架旨在通过整合 外显子水平和剪接点读取数据 来提升单细胞RNA测序（scRNA-seq）分析的精度。传统的基因计数方法往往忽略这些详细信息，从而限制了对细胞异质性和替代剪接模式的理解。DOLPHIN 将基因表示为图形结构，并利用 变分图自编码器 生成更精确的细胞嵌入，从而在 细胞聚类、生物标志物发现和替代剪接检测 等方面表现出卓越的性能。该方法能够识别基因水平分析中常被掩盖的 细微转录组差异，并已在多种scRNA-seq数据集上进行了验证，展示了其在揭示疾病机制和治疗靶点方面的新潜力。

References:

• Song K, Zheng Y, Zhao B, et al. DOLPHIN advances single-cell transcriptomics beyond gene level by leveraging exon and junction reads[J]. Nature Communications, 2025, 16(1): 6202.

这篇文章旨在为年轻科学家提供研究生或博士后导师选择的指导。作者强调优秀指导对职业成功、创新和大学健康的重要性。文章讨论了如何识别具备卓越科学能力和指导能力的导师，并提出了一系列考察标准，例如出版记录、H指数、资助情况以及与现有和前任学生交流。此外，作者还倡导开发“M指数”来衡量指导质量，并呼吁大学和资助机构重视并奖励优秀的导师。最终，作者认为卓越的指导对于培养下一代成功的科学家至关重要。

References:

• Barres B A. How to pick a graduate advisor[J]. Neuron, 2013, 80(2): 275-279.

这篇文章主要讨论了如何撰写高质量的科学论文，强调了在确保清晰度和准确性的同时，融入引人入胜的叙述方式。作者们提供了关于结构组织、语言选择和信息呈现的实用建议，以帮助科学作者创作出易于理解、引人注目并能有效传播科学发现的论文。核心观点包括明确中心信息、使用简洁明了的语言、避免冗余和模糊表达，并鼓励作者在符合科学严谨性的前提下，适度展现个人风格。最终目标是让科学研究被更广泛的读者群所阅读和理解，从而提升其影响力和价值。

这篇研究整合了三维成像与核分割技术，以高分辨率绘制组织微环境图谱。作者们使用人类胰腺组织作为模型，开发了一种新颖的工作流程，通过对连续切片进行三维重建和核形态分析，克服了传统二维组织学分析的局限性。这项技术能够识别细胞类型、量化核特征，并揭示细胞在三维空间中的复杂相互作用，例如白细胞在胰腺导管和血管附近的分布模式。研究结果强调了三维分析对于全面理解疾病进展中组织结构和细胞异质性的重要性，并为未来的数字病理学研究提供了强大的框架。

References:

• Forjaz A, Kramer D, Shen Y, et al. Integration of nuclear morphology and 3D imaging to profile cellular neighborhoods[J]. biorxiv, 2025: 2025.03. 31.646356.

这篇研究深入探讨了胰腺癌（PDAC）发展的早期阶段，特别关注了p53基因失活和KRAS信号通路在胰腺上皮细胞中的作用。文章识别了一种独特的祖细胞样状态，该状态在癌症发生前就同时激活了促肿瘤和抑癌程序，并与胰腺微环境的重塑紧密相关。通过小鼠模型和人类组织的单细胞转录组学和空间分析，研究人员揭示了p53失活如何促进这些祖细胞样细胞的积累，以及KRAS抑制剂如何瓦解这些促癌生态位，为早期干预策略提供了新的见解。

References:

• Reyes J, Del Priore I, Chaikovsky A C, et al. Oncogenic and tumor-suppressive forces converge on a progenitor-orchestrated niche to shape early tumorigenesis[J]. bioRxiv, 2025: 2025.06. 10.656791.

这篇文章介绍了一种名为 CellFM 的新型大规模基础模型，其专门用于分析单细胞转录组数据。作者们通过汇编 1亿个人体细胞 的多样化数据集来训练 CellFM，并采用了一种改进的 RetNet架构 来确保高效的训练和性能。该模型包含 8亿个参数，在细胞注释、基因功能预测和基因相互作用分析等多个单细胞任务中，都展现出优于现有模型的卓越性能。该研究强调了像 CellFM 这样的综合模型在应对单细胞数据分析固有挑战方面的潜力，并预示着其在生物学和医学研究中的广泛应用前景。

References:

• Zeng Y, Xie J, Shangguan N, et al. CellFM: a large-scale foundation model pre-trained on transcriptomics of 100 million human cells[J]. Nature Communications, 2025, 16(1): 4679.

这篇文章主要介绍亚洲免疫多样性图谱（AIDA），这是一项对来自五个亚洲国家的健康捐献者的循环免疫细胞进行的多国单细胞参考研究。研究强调了自我报告的种族、遗传祖先、性别和年龄等因素如何显著影响免疫细胞的分子和细胞特性。它还揭示了不同人群中细胞集群的丰度差异，并识别了与疾病相关基因座的特定人群功能变异（eQTLs）。这项工作凸显了研究人类多样性在诊断和精准医疗方面的生物医学价值，特别是考虑到目前基因组数据中亚洲人群代表性不足的问题。

References:

• Kock K H, Han K Y, Ando Y, et al. Asian diversity in human immune cells[J]. Cell, 2025, 188(8): 2288-2306. e24.