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这篇研究利用 单细胞RNA测序 (scRNA-seq) 和 多重成像技术 (CODEX) 详细描绘了人类骨髓的细胞组成和空间结构。研究揭示了 间充质基质细胞 (MSCs) 具有转录和功能上的异质性，并发现了 造血干/祖细胞 (HSPCs) 主要定位于脂肪细胞周围的区域。此外，文章还展示了利用所建立的健康骨髓图谱来理解 急性髓性白血病 (AML) 中MSCs扩增的潜力，以及其在疾病背景下细胞相互作用的变化。这项工作为未来研究人类骨髓微环境提供了重要的参考资源。

References:

• Bandyopadhyay S, Duffy M P, Ahn K J, et al. Mapping the cellular biogeography of human bone marrow niches using single-cell transcriptomics and proteomic imaging[J]. Cell, 2024, 187(12): 3120-3140. e29.

文章介绍了一种名为 GeneAgent 的新型 AI 语言代理，专为 基因集分析 设计。GeneAgent 旨在通过 自主与生物数据库交互以验证其输出 的方式，来 减少大型语言模型 (LLMs) 在生成基因功能描述时可能出现的“幻觉” 或事实错误。研究表明，与 GPT-4 等现有 LLMs 相比，GeneAgent 在准确性上表现出显著提升，并能为新基因集提供更具相关性和全面性的功能描述，从而 加速生物学知识的发现。文章还详细阐述了 GeneAgent 的 四阶段工作流程（生成、自验证、修改和总结），并强调了 专家策划的领域数据库 在其性能中的关键作用。

References:

• Wang Z, Jin Q, Wei C H, et al. GeneAgent: self-verification language agent for gene-set analysis using domain databases[J]. Nature Methods, 2025: 1-9.

这篇文章概述了一项综合性研究，该研究利用空间蛋白质组学和转录组学技术，揭示了卵巢交界性肿瘤向侵袭性低级别浆液性癌发展的分子机制。研究人员整合了细胞类型分辨的深度视觉蛋白质组学和空间转录组学数据，以识别和验证疾病进展的关键驱动因素，并提出了针对这种化疗耐药性疾病的潜在联合治疗方案。特别指出，微乳头状交界性肿瘤被认为是向低级别卵巢癌转变的中间阶段。最终，该研究通过体内外实验验证了新的药物靶点和治疗策略，为低级别浆液性卵巢癌的精准治疗提供了新的见解。

References:

• Schweizer L, Kenny H A, Krishnan R, et al. Spatial proteo-transcriptomic profiling reveals the molecular landscape of borderline ovarian tumors and their invasive progression[J]. Cancer Cell, 2025.

CELLFORGE是一种利用多智能体框架来自动设计和优化虚拟细胞计算模型的系统。该系统通过任务分析、方法设计和实验执行三个核心模块，将原始单细胞多组学数据和研究目标转化为优化的模型架构和可执行代码。任务分析模块负责数据特征提取和文献检索，方法设计模块中的专家代理通过协作讨论开发建模策略，实验执行模块则自动生成训练和推理代码。CELLFORGE在预测基因敲除、药物处理和细胞因子刺激等多种扰动下的细胞反应方面，表现优于现有技术，显著降低了预测误差并提高了相关性指标，展现了大型语言模型（LLMs）代理迭代交互在解决复杂建模挑战中的优势。

References:

• Tang X, Yu Z, Chen J, et al. CellForge: Agentic Design of Virtual Cell Models[J]. arXiv preprint arXiv:2508.02276, 2025.

这篇综述文章深入探讨了肿瘤血管生成与肿瘤免疫之间的复杂相互作用，重点关注它们如何影响癌症进展和免疫疗法结果。文章解释了异常肿瘤血管如何通过限制免疫细胞渗透并营造免疫抑制性微环境来阻碍有效的抗肿瘤免疫反应。研究人员还阐述了通过血管正常化改善抗肿瘤免疫力的方法，以及血管正常化与免疫检查点阻断（ICB）疗法之间的协同作用。文章讨论了当前抗血管生成策略的局限性，并提出了未来的研究方向，以优化癌症治疗方案，例如结合抗血管生成和免疫治疗方法，以及探索非血管内皮生长因子（VEGF）通路靶点以减少副作用。文章总结道，将抗血管生成疗法与免疫疗法结合具有巨大潜力，但在更广泛应用之前仍需解决安全性问题并优化治疗策略。

References:

• Kabir A U, Subramanian M, Kwon Y, et al. Linking tumour angiogenesis and tumour immunity[J]. Nature Reviews Immunology, 2025: 1-1

这篇研究论文详细描绘了人类大脑皮层在单细胞分辨率下的空间转录组图谱。作者们通过结合单核RNA测序和亚细胞水平的空间转录组测序技术，绘制了14个人类皮层区域的综合细胞图谱。该图谱揭示了神经细胞类型独特的表达模式和空间排列，特别关注了谷氨酸能神经元和GABA能神经元的组织。此外，研究还探索了细胞间的相互作用、配体-受体模式以及皮层区域内神经元-胶质细胞通讯的区域差异。这些发现为理解人类皮层的复杂细胞基础和认知功能，以及未来神经系统疾病的研究提供了宝贵的参考。

References:

• Wei S, Luo M, Wang P, et al. Charting the spatial transcriptome of the human cerebral cortex at single-cell resolution[J]. Nature Communications, 2025, 16(1): 7702.

这篇研究文章深入探讨了蚂蚁社会进化背后的遗传机制，主要通过对163种蚂蚁基因组的广泛比较分析。文章阐述了蚂蚁等级分化的群落如何起源并成为陆地生态系统的主导力量，其成功归因于类似于多细胞生物体体细胞的劳动分工。研究团队通过全球蚂蚁基因组联盟（GAGA）收集高质量基因组数据，揭示了染色体重新排列与物种多样性的关联，并确定了与社会性状相关的基因家族进化和选择压力。此外，文章还分析了激素信号通路和基因表达模式在蚁后/工蚁分化中的作用，为理解蚂蚁独特的超个体组织提供了全面的基因组视角。

References:

• Vizueta J, Xiong Z, Ding G, et al. Adaptive radiation and social evolution of the ants[J]. Cell, 2025.

这篇文章详细阐述了胆碱能神经元活动在弥漫性中线胶质瘤（DMG）生长中的作用，这是一种侵袭性脑癌。研究表明，中脑胆碱能神经元的活动通过毒蕈碱信号促进DMG细胞和少突胶质细胞前体细胞的增殖。反过来，DMG也会增强胆碱能神经元的活动，形成一个恶性循环。文章还确定了M1和M3毒蕈碱受体是DMG的潜在治疗靶点，因为阻断这些受体可以抑制肿瘤生长。

References:

• Drexler R, Drinnenberg A, Gavish A, et al. Cholinergic neuronal activity promotes diffuse midline glioma growth through muscarinic signaling[J]. Cell, 2025.

这篇文章揭示了低糖饮食或癌细胞中糖代谢受损如何出人意料地促进肺部肿瘤转移，即使它们能抑制原发肿瘤生长。研究发现，葡萄糖匮乏会通过细胞外囊泡（外泌体）上的一种名为TRAIL的蛋白质，重塑肺部的先天免疫环境。这些外泌体TRAIL会使巨噬细胞极化，导致自然杀伤（NK）细胞耗竭，从而在肺部形成一个有利于肿瘤定植的微环境。此外，文章还指出，血浆外泌体TRAIL可以作为预测早期术后肺转移的准确生物标志物，甚至优于传统指标。

References:

• Wu C Y, Huang C X, Lao X M, et al. Glucose restriction shapes pre-metastatic innate immune landscapes in the lung through exosomal TRAIL[J]. Cell, 2025.

这篇研究量化了人类肠道微生物群产生的发酵产物的量及其对宿主能量需求的影响。文章提出了一个系统级的框架，用于整合细菌代谢、宿主生理学和宏基因组数据，以估算这些代谢物的通量。研究发现，发酵产物是肠道微生物吸收的最丰富代谢物，对健康有重要的剂量依赖性影响，并且主要由饮食中的碳水化合物决定，而不是微生物群的组成。对于西方饮食，细菌提供了人类能量需求的2%-5%，而对于非西方饮食，这一比例可能高达10%，显著低于小鼠模型中观察到的21%或更高。研究还强调了饮食在塑造发酵产物总量方面的主导作用，低碳水化合物饮食会导致较低的产物产量，并指出了量化微生物与宿主之间代谢交换的重要性，以更好地理解肠道微生物在健康和疾病中的作用。

References:

• Arnoldini M, Sharma R, Moresi C, et al. Quantifying the varying harvest of fermentation products from the human gut microbiota[J]. Cell, 2025.