Một số nhận định cho rằng, cồn có thể gây viêm da, kích ứng, phá vỡ hàng rào bảo vệ da, gây khô da và mất nước. Khi nhắc đến những tác dụng không mong muốn trên thì loại cồn được đề cập đến chính là cồn khô (ethanol, methanol, isopropanol, alcohol denat…). Cồn béo hay nhiều người còn gọi là cồn tốt, là loại cồn an toàn, lành tính và có nhiều công dụng trong làm mềm da và dưỡng ẩm. Tuy nhiên, trong một số trường hợp, nhất là khi dùng cetyl alcohol với liều lượng quá nhiều, cũng có thể gây bít tắc nang lông dẫn đến nguy cơ hình thành nhân mụn ẩn.
Một số nghiên cứu trong phòng thí nghiệm cho rằng cồn khô có thể làm chết tế bào da, kích thích phản ứng viêm, làm biến tính protein và làm chậm hoạt động enzyme. Trong các thử nghiệm này, cồn được cho tiếp xúc trực tiếp với tế bào, nồng độ khoảng 0,5%, trong điều kiện môi trường kín để tránh cồn bay hơi, thường kéo dài khoảng 24 tiếng.
Nghiên cứu lâm sàng về ảnh hưởng của cồn lên da chủ yếu chỉ có các tiến hành đánh giá tác động của các loại nước sát khuẩn, nước rửa tay khô với nồng độ ethanol từ 60 – 70% trở lên, tần suất tiếp xúc khoảng 5 – 100 lần/ngày để mô phỏng quy trình vệ sinh tay của các nhân viên y tế.