ג׳ונתן אלחורי נולד בלבנון למשפחה נוצרית. אביו הצטרף לצבא דרום לבנון ועבר לישראל ביום הנסיגה של צה״ל. ג׳ונתן, אחיו, אמו ושאר המשפחה נשארו מאחור והצטרפו לאביו בישראל רק כעבור 15 חודשים. מאז קיבל אזרחות ישראלית והפך למרצה על המצב בדרום לבנון והמצב הכה מורכב ששורר במקום כבר עשרות שנים.