Der Spieler beginnt die Geschichte als Kris, ein menschliches Kind, das in einem Dorf lebt, das hauptsächlich aus Monsterbewohnern besteht, und deren Adoptivmutter Toriel, die ebenfalls ein Monster ist. Toriel bringt Kris in die Schule, wo Kris eine von Alphys unterrichtete Klasse besucht. Kris und Susie, eine kriminelle Monster-Klassenkameradin, werden geschickt, um Kreide für die Tafel zu holen. Beim Betreten des Vorratsschranks werden beide in die "Dunkle Welt" gezogen. Dort treffen sie Ralsei, einen Prinzen der Dunkelheit, der ihnen erzählt, dass die drei Helden sind, die dazu bestimmt sind, den Dunklen Brunnen (einen Geysir der dunklen Energie) zu schließen, um das Gleichgewicht in dieser Welt wiederherzustellen. Der König hat jedoch die Kontrolle über die Dunkle Welt übernommen und ist entschlossen, die Dunkelheit zu verbreiten.