Alejandro Encina, el subsecretario de Derechos Humanos, Población y Migración, dijo en entrevista con Aristegui que "se ha venido investigando todo lo relativo a cómo se fue construyendo la 'verdad histórica'. En muchos de los casos hay evidencia de que las pruebas que se presentaron fueron alteradas, que las declaraciones que se obtuvieron fueron mediante tortura y que esto significó una segunda desaparición". El actual gobierno mexicano creó en 2018 una Comisión de la Verdad y la Justicia en el caso Ayotzinapa. Dentro de los avances durante la presidencia de Andrés Manuel López Obrador están los señalamientos contra Tomás Zerón, el exjefe de la Agencia de Investigación Criminal del gobierno anterior y quien lideró las primeras investigaciones. Zerón ha dicho que los cargos en su contra son falsos y con trasfondo político.

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