A cavallo tra la fine del secolo e l'inizio del nuovo millennio, Lacy ritrova il vecchio amico Roswell Rudd in un quartetto che viene registrato in effervescenti esibizioni dal vivo. Negli ultimi anni della sua vita Lacy continua ad esibirsi spesso in solo, anche in Italia, per esempio a Labirinti Sonori di Siracusa: un suo set in solo al festival nel 2001, con una splendida medley monkiana, si traduce in un album. Alla metà del 2003 gli viene diagnosticato un cancro. Lacy continua a suonare, negli Usa e in Europa, dall'estate fino a poco più di due mesi dalla morte, che sopraggiunge nel giugno 2004. Lacy suona benissimo fino alla fine. Non solo suona, ma stoicamente ha la forza nelle sue esibizioni di fare riferimento alla morte. Nell'autunno 2003 dà il suo addio all'Europa: in un concerto in solo a Zurigo, diventato l'album November (Intakt), esegue diversi brani che aveva composto in omaggio a persone che erano mancate: fra i brani Tina's Tune, dedicato al sassofonista tedesco Tina Wrase, che era stato stroncato dalla stessa malattia che stava portando via Lacy: Lacy esegue il brano e recita il testo da cui è corredato, un haiku sulla morte scritto da Ozaki Koyo, ucciso, nel 1903, dallo stesso male.