El profesor Aronnax y sus compañeros, comandados por el capitán Nemo visitan una pesquería de perlas cerca de Sri Lanka. En el fondo del Índico, descubren una nueva muestra de la belleza que encierra el mar, y comprueban también sus tremendos peligros anticipados por el profesor Aronnax la jornada anterior.

El Nautilus se acerca a las costas de Ceylán (la Sri Lanka de hoy), y el capitán Nemo formula una nueva propuesta al profesor Aronnax que le resulta tan inquietante como para quitarle el sueño.

Se inicia la segunda parte del libro. El Nautilus surca aguas del océano Índico, encaminándose hacia el golfo de Bengala, y haciendo disfrutar de la contemplación de las ricas y variadas formas de vida que contiene.

En este capítulo, que cierra la primera parte del libro, contrasta la belleza de los parajes submarinos que visita el Nautilus, con las intensas emociones suscitadas por la inesperada petición del capitán Nemo requiriendo los servicios como médico del profesor Aronnax para atender a un herido.

Continúa el viaje del Nautilus después del 'incidente' en los peligrosos arrecifes del estrecho de Torres, adentrándose en el océano Índico, y haciendo concebir a Ned Land esperanzas de retorno a los mares cercanos a Europa.

El profesor Aronnax, Conseil y Ned Land deben abandonar y apresuradamente la isla que estaban visitando por la inesperada y hostil presencia de un grupo de nativos que se muestran agresivos con ellos.

El profesor Aronnax, Conseil y Ned Land pueden pasar unos días en tierra, aprovechando la ocasión para ampliar y variar su dieta con la rica flora y fauna que les ofrece la selva de la isla frente a la que ha quedado encallado el Nautilus.

El Nautilus llega a las peligrosas aguas del estrecho de Torres, que separa Australia de Nueva Guinea, y un desagradable incidente permite que el profesor Aronnax, Conseil y Ned Land puedan abandonar la nave para pisar tierra firme.

El Nautilus navega por el sur del Pacífico, en torno a las islas de Polinesia, rememorando las aventuras de los navegantes del pasado por esa misma zona del océano. El capitán Nemo sorprende al profesor Aronnax con nuevos hallazgos de acontecimientos históricos poco claros hasta entonces.

Los pasajeros del Nautilus siguen descubriendo la maravillosa flora y fauna los parajes submarinos del océano Pacífico, de los que el capitán Nemo se muestra como un extraordinario conocedor.