Fra il '59 e il '61 Shorter realizza i suoi primi album personali: Introducing Wayne Shorter, uscito nel '60 (con il trombettista Lee Morgan e con quella che era allora la ritmica di Miles Davis: Wynton Kelly al pianoforte, Paul Chambers al contrabbasso e Jimmy Cobb alla batteria), e Second Genesis, inciso nel '60 ma pubblicato solo nel '74. Shorter partecipa inoltre all'incisione di The Young Lions, uscito nel '61 e intestato collettivamente ai musicisti coinvolti.