Mediante una orden judicial dictada por el juez de Instrucción de San Francisco Gotera, Jorge Guzmán, se requería el acceso a 6 sedes militares y al Archivo General de la Nación para identificar información que relacionara a los autores materiales e intelectuales de la masacre de El Mozote, sin embargo esta labor ha sido constantemente bloqueada, negando el acceso a los archivos y logrando ingresar únicamente al Palacio Nacional, donde sí se pudo hacer la revisión de documentos por parte de los peritos.
David Ortiz, colaborador jurídico de FESPAD, manifestó que es necesaria la intervención de la Fiscalía General de la República, ya que ningún funcionario o ciudadano debe bloquear una orden de un juez, además reitera que estas acciones revictimizan a los familiares de los asesinados en El Mozote e impiden la aplicación de la justicia.