El padre Segundo Montes S.J., había creado el Socorro Jurídico Cristiano, en 1975. Esta entidad funcionó en el Colegio Externado San José y brindó un valioso apoyo legal a las víctimas y familiares de la represión política.
En 1985, el padre Montes también fundó el IDHUCA con la idea de que fuera un instituto universitario congruente con el compromiso de la UCA, de interpretar la realidad salvadoreña e influir en ella para construir una sociedad basada en el respeto pleno de la dignidad humana.
En ese contexto, el IDHUCA se preocupó por registrar cuidadosa y rigurosamente las violaciones a estos derechos, pero su trabajo no se limitó a una simple recopilación de atropellos, sino que se esforzó por iniciar una reflexión sobre su significado teórico y práctico. Y por último, procuró movilizar a la opinión pública y organizar una red de solidaridad internacional con El Salvador.
La actual directora de la institución de defensa de derechos humanos, Gabriela Santos, dijo que los derechos humanos no son teoría, sino una vivencia junto al pueblo. Santos lamenta que en varias ocasiones los Estados descuiden la protección y promoción de los derechos humanos.