Obwohl er zur damaligen Zeit ähnlich bekannt war wie Thomas Müntzer, ist Schwenckfeld heutzutage fast vergessen. Sein „mittlerer Weg“ und sein Eintreten für Toleranz und Gewaltfreiheit haben zur Zeit der Reformation nur wenig Gehör gefunden. Er galt als „Spiritualist“, weil er das Innerliche des Glaubens und eine aus dem Herzen kommende Veränderung der Lebensführung stark gegenüber einem veräußerlichten Christentum betonte. Viele seiner Ansichten wurden im späteren Pietismus aufgegriffen.