המגילות מהללות, משבחות ומרוממות עד כדי גוזמה שאין למעלה ממנה את הכוהנים מבית צדוק, כמי שעמדו בראש הכת וכמי שבעידן אחרית הימים יחזרו לירושלים ויעמדו בראש בית המקדש. 

סיפורם של הכוהנים מבית צדוק מוכר היטב. מדובר בכוהנים חסרי כל חשיבות וייחוס, שבטוויסט היסטורי הפכו למשפחה החזקה והעשירה ביותר בישראל. 

ואז ביום אחד הכל הסתיים. הם סולקו מהמקדש והפכו אבק נישא ברוח. 

המגילות שכתבו אנשי הכת ספוגות בכמיהה לחזור לירושלים ולמקדש, ולהשיב לעצמם את השררה שנגזלה מהם. אלא שאנשי הכת הבינו היטב שאין שום סיכוי שהדבר יקרה, ובהדרגה שקעו לתוך עולם אפוקליפטי, שבמרכזו עומדת הציפייה לבואה של "מלחמת בני אור בבני חושך". מלחמה שבה אלוהים ומלאכי הקודש ימגרו את הרשעה מהעולם, ושלאחריה יגיע עידן אחרית הימים שבו, הכוהנים האומללים שחיו בפינה הכי דרומית ושוממת בישראל, ישובו לירושלים ולמקדש.

סיפור עלייתה ונפילתה של משפחת הכוהנים מבית צדוק, וסיפור מגילת מלחמת בני אור בבני חושך הם סיפור אחד שעומד במרכז הפרק השלישי.