En la conclusión de la época medieval, algunos personajes importantes y las cruzadas tuvieron impactos cuyos efectos perduran hasta la fecha.

Entre los siglos XI y XV, el papado utilizó su poder creciente a veces promoviendo la reforma de la iglesia y otras veces resistiéndola. 

Una serie de diferencias y conflictos resultó en la division definitiva entre la iglesia oriental y la oriental en el año 1054. Al mismo tiempo, el Islam creció rápidamente y afectó las dos iglesias.

Por varios factores, entre los años 400 y 600, el poder del obispo de Roma creció enormamente.

A partir del siglo V, una serie de migraciones y conquistas reconfiguraron los poderes en Europa dejando a la iglesia occidental aliada y a veces controlada por el Santo Imperio Romano.

Cuatro personajes importantes del cuarto siglo fueron Ambrosio, Juan Crisóstomo, Agustín de Hipona y Jerónimo.

Los primeros cuatros concilios ecuménicos fueron Nicea (325), Constantinopla (381), Éfeso (431) y Calcedonia (451).

El edicto de tolerancia de Constantino y su traslado de la capital de Roma a Constantinopla prepararon el camino para el dominio de la iglesia sobre las religiones greco-romanas y el ascenso del obispo de Roma sobre los otros patriarcas.

Unos movimientos importantes de la época de la iglesia perseguida fueron la formación del canon del Nuevo Testamento, el monacato, la veneración de los mártires, el sincretismo y el gobierno obispal.

Algunas herejías antiguas afligieron y retaron la iglesia, como el gnosticismo, el docetismo, el ebionismo, el marcionismo, el montanismo, el novacionismo, el monarquianismo y el manequeismo.