Aunque se percibe como inocua, la medicina natural conlleva riesgos significativos si se ignora el rigor científico. El principal peligro es la toxicidad intrínseca de ciertas plantas, que pueden causar daños hepáticos o renales graves. Además, existe un alto riesgo de interacciones farmacológicas; muchos suplementos alteran el efecto de medicamentos convencionales, anulándolos o potenciándolos peligrosamente.
La falta de regulación estándar facilita la contaminación con metales pesados o pesticidas. No obstante, el mayor riesgo es el retraso en diagnósticos críticos, al sustituir tratamientos de eficacia probada por remedios sin base clínica, comprometiendo seriamente la supervivencia del paciente.