El señor Sesemann, aconsejado por su médico, toma la determinación de llevar a Heidi cuanto antes a su casa de los Alpes, como remedio a su enfermedad. Sebastian será el encargado de acompañar a la pequeña, que ha de superar algunas dificultades en los preparativos del viaje.

La señorita Rottenmeier y todo el personal al servicio de los Sesemann está alterado por una misteriosa presencia que durante las madrugadas se pasea por la casa llegando a abrir la puerta de la calle. Tiene que intervenir el mismo señor Sesemann para poner fin al misterio.

Heidi disfruta de la compañía y de la atención de la señora Sesemann, la abuelita de Clara, que ejerce de asesora espiritual de la niña. Esto contrasta con las absurdas prohibiciones de la señorita Rottenmeier, que solamente consiguen empeorar la situación emocional de la niña.

En casa del señor Sesemann se recibe la buena noticia de la llegada de la abuelita de Clara, que resulta ser una agradable anciana. La vida de Heidi en casa de los Sesemann mejora en gran medida desde que esta señora se interesa por hablar con ella para ayudarle.

El padre de Clara, el señor Sesemann, vuelve a su casa de Frankfurt a pasar unos días con su hija, y tiene oportunidad de conocer a Heidi. Pero la señorita Rottenmeier no le da una buenos informes de ella, por lo que sl sepor Sesemann se ve obligado a recabar información por su cuenta para formarse su propia opinión.

Heidi continúa causando disgustos a la señorita Rottenmeier, y sigue sin saber el motivo. Afortunadamente para la pequeña, los líos en los que se ve envuelta por la rigidez de la estricta ama de gobierno son mitigados por la comprensión de Clara y del mayordomo Sebastián.

Heidi despierta por primera vez en casa del señor Sesemann en Frankfurt, donde encuentra algunas dificultades para conectar con la naturaleza. Su afán de libertad provoca involuntariamente algunos incidentes que desesperan a la señorita Rottenmeier y divierten a Clara y al mayordomo Sebastián.

Heidi llega a casa del señor Seseman acompañada por su tía Dete. Allí conoce a Clara, al personal de servicio de la casa y a la peculiar señorita Rottenmeier, el ama de gobierno. La sencillez y naturalidad de Heidi provoca divertidas situaciones que deseseperan a la señorita Rottenmeier.

El tiempo pasa apaciblemente en los Alpes para Heidi, su abuelo y Pedro y su familia, hasta que reciben en poco tiempo dos visitas que lo cambiarán todo.

Heidi conoce a la abuela de Pedro, una encantadora anciana que vive en una destartalada cabaña junto con su hija, la madre del pequeño cabrero. La pequeña niña cambia la vida de la familia con su sencilla forma de ser y su gran corazón.