La guerra brindó un contexto en el que afloraron tensiones económicas y políticas internas en los estados miembros de la alianza antifilibustera, y favoreció al mismo tiempo una nueva cohesión “nacionalista”, a través de una retórica patriótica y de defensa de la religión. La guerra antifilibustera, como encrucijada decisiva en la que alrededor del esfuerzo colectivo de expulsar a los aventureros  extranjeros se dirimieron al mismo tiempo cuestiones directamente relacionadas con el balance de poder regional y con el predominio  de intereses particulares de grupo al interior de cada Estado, fue punto de partida de la carrera hacia la modernización bajo el signo del liberalismo que caracterizó el último cuarto del siglo XIX. (Pérez Pineda, 2014, p. 347).

La guerra tuvo una importancia central en el proceso de construcción estatal en Iberoamérica durante el siglo XIX. La llamada Guerra Nacional de 1857-1857 tuvo particularidades propias que la diferenciaron de los numerosos conflictos armados centroamericanos de la época. No obstante, la guerra contra los filibusteros comparte con dichos conflictos una serie de características importantes, por lo que su estudio permite conocer la manera en que se libraban las guerras en esa época, le modo de financiarlas y, en general, el funcionamiento del estado en contribuir a explicar la relación entre guerra y deuda pública en el siglo XIX en condiciones de guerra (Pérez Pineda, 2014, p. 7).

El istmo centroamericano, dividido después del fracaso de la Federación en cinco pequeños estados, era el escenario de pretensiones hegemónicas por las fuerzas que gobernaban aquellos estados que gozaban de mayor estabilidad política y que habían establecido vínculos amistosos con gran Bretaña, la primera potencia de la época en un marco geopolítico internacional en el que la creciente rivalidad entre Gran Bretaña y los Estados Unidos de América por el dominio de la ruta interoceánica había causado tensiones serias (Pérez Pineda, 2014, p. 8).

Luego de la independencia del Reyo de Guatemala de España, y la consecuente anexión a México y su disolución, la meta fue construir un nuevo tipo de sociedad y de orden político, el que se conseguiría creando reformas profundas, que iban a colocar al territorio colonial antiguo a la par de las naciones modernas y desarrolladas.

Luego de la independencia del Reyo de Guatemala de España, y la consecuente anexión a México y su disolución, la meta fue construir un nuevo tipo de sociedad y de orden político, el que se conseguiría creando reformas profundas, que iban a colocar al territorio colonial antiguo a la par de las naciones modernas y desarrolladas.

Luego de la independencia del Reyo de Guatemala de España, y la consecuente anexión a México y su disolución, la meta fue construir un nuevo tipo de sociedad y de orden político, el que se conseguiría creando reformas profundas, que iban a colocar al territorio colonial antiguo a la par de las naciones modernas y desarrolladas.

Los pipiles poblaron la mayor parte del territorio salvadoreño hasta el río Lempa en el oriente del país, pero mantenían influencia sobre los otros pueblos indígenas (lencas, cacaoperas, chortis, pocomamen, xincas, etc.) por lo que su influencia lingüística y cultural se encuentra prácticamente en todo el territorio nacional, incluso en las zonas que estaban pobladas pueblos de diferente origen étnico. 

En el resto de Centro América hubo asentamientos pipiles en la zona pacífica de Guatemala y Nicaragua (los pipil-nicarao). Actualmente, descendientes pipiles se encuentran esparcidos en el occidente del país, especialmente en el departamento de Sonsonate, en donde todavía se encuentran hablantes de náhuat/pipil6 y en Ahuachapán. En San Salvador, aún hay presencia indígena visible en el municipio de Panchimalco, en donde algunas de las mujeres pipiles del pueblo, conocidas como “panchas”, aún portan el refajo (Lemus, 2010).

El pueblo pipil es un grupo indígena descendiente de emigrantes nahuas que llegaron a Centroamérica en diversas olas migratorias entre los años 800 y 1300 d.C., aproximadamente (ver Fowler 1989, Lemus 2004). En El Salvador, estos grupos poblaron el occidente y el centro del país, en donde desarrollaron una cultura propia y se convirtieron en la cultura dominante de la región. Su idioma, el pipil o náhuat, es la única lengua indígena que aún se habla en El Salvador. Lemus, (2010).

Pedro de Alvarado fue estratégico al establecer nuevas alianzas con los nativos. Los pueblos indígenas que se enlistaron en su ejército provenían de los principales reinos y etnias del centro de México: mexicas, tlapanecas, acolhuas, huezotzincas y tlaxcaltecas. Asimismo, se les sumarían otros grupos que se encontraban en la ruta a seguir por Alvarado, entre ellos mixtecas y zapotecas de Oaxaca. Cuando llegaron a Guatemala, se enlistaron aproximadamente mil kaqchikeles, quienes eran enemigos tradicionales de los pipiles. Los tlaxcaltecas encontraron en los españoles a unos aliados para batallar contra sus enemigos letales, los aztecas.

Alvarado utilizó exitosamente una táctica española frecuente para fragmentar y ganar provincias nativas, que radicaba en conquistar a los enemigos de los grupos que se manifestaban amistosos hacia los castellanos. Los kaqchikeles ayudaron por un tiempo a los españoles en la conquista de sus antiguos enemigos, los quichés. Otra expresión de esa táctica fue la decisión de Alvarado de avanzar, comenzando en el capital kaqchikel, para ir sobre otros de sus enemigos habituales, los pipiles de Izcuintepeque y Cuscatlán, y de esta manera extender su poder para instaurar derecho prior sobre una mayor cantidad de territorio hacia el sur.

La conquista de Guatemala y Cuscatlán fue una extensión de la conquista de México Tenochtitlán. Hernán Cortés había recibido noticias de los ricos territorios que había más allá de los linderos bajo el control de los aztecas; por ello quiso extender su potestad y dominio. La conquista de Cuscatlán y del resto del territorio del actual El Salvador no fue una acción militar rápida, sino más bien un proceso prolongado, marcado por fracasos para los conquistadores y los conquistados. 

Como se ha mencionado, el ejército de Alvarado era una fuerza multiétnica, compuesta por europeos, africanos y diversos pueblos indígenas. El asedio e invasión de Cuscatlán es un episodio de la conquista de Guatemala. Alvarado, al salir de Izcuintepeque (Guatemala), rumbo al sureste en trayectoria a la costa del Pacífico, desarrolló una operación de tierra arrasada, quemando poblados y sometiendo y esclavizando a sus ocupantes.