En septembre 1898, Élisabeth entreprit une cure de plusieurs semaines à Territet près de Montreux ; le 9 septembre, avec sa dame de compagnie Irma Sztaray, elle fit une excursion à Prégny pour y rendre visite à la baronne Rothschild. Le soir, Élisabeth gagna Genève où elle comptait passer la nuit, car elle envisageait de reprendre le bateau le lendemain pour retourner à Montreux. Comme d’habitude, Élisabeth était descendue à l’hôtel Beau Rivage sous son titre de comtesse de Hohenembs dans l’espoir de rester incognito. Mais le lendemain un quotidien genevois, averti par une indiscrétion, révéla la présence de l’impératrice d’Autriche à l’hôtel Beau Rivage. Luigi Luccheni, anarchiste italien venu à Genève dans le but d’assassiner le prince d’Orléans, tomba également sur cette information. Et comme le prince avait décidé en dernière minute de changer ses plans et de ne pas venir à Genève, l’anarchiste ne se laissa pas perturber : il venait par hasard de trouver une victime bien plus renommée ! Le matin du 10 septembre, Élisabeth effectue quelques emplettes et visite sa confiserie préférée. Vers midi, elle s’apprête à monter à bord du bateau qui devait la ramener à Montreux, mais Luccheni l’épie sur le chemin de l’embarcadère, se précipite sur elle et lui enfonce une lime dans la poitrine. Élisabeth s’affaisse, puis se relève, abasourdie, croyant avoir été bousculée et se précipite à bord, de peur de rater le départ du bateau. Puis l’impératrice s’effondre. En dégrafant son corsage on aperçoit une minuscule blessure sur sa poitrine. Le bateau fait immédiatement demi-tour et l’impératrice, mortellement blessée, est ramenée à l’hôtel, où elle meurt quelques instants plus tard. Quand François-Joseph apprit la nouvelle, ses seules paroles furent : « Vous ne pouvez savoir combien j’ai aimé cette femme ! »