Einige Jahre nachdem die Erweckung Arfoire`s abgewendet werden konnte, lebt Gamindustri immer noch in Frieden ohne besondere Vorkommnisse. Die CPUs und ihre jüngeren Schwestern genießen ihr friedliches und glückliches Leben… Bis der CPU von Planeptune, Neptune, eines Tages in eine andere Dimension geschickt wird. Die neue Dimension unterscheidet sich nicht groß von ihrer vorherigen, bis Neptune dann bemerkt, dass es sich um das Gamindustri der 80er Jahre handelt. Hier treibt eine Gruppe von Schurken mit dem Namen „Seven Sages“ ihr Unwesen. Ziel der „Seven Sages“ ist es eine neue Welt ohne CPUs zu erschaffen. Mit der Hilfe ihrer neuen Freunde und dem CPU der neuen Dimension, Plutia, liegt es nun an Neptune ein völlig anderes Gamindustri zu verteidigen.