En el siglo XII, el Papa Benedicto III inició una cruzada religiosa y militar contra la doctrina albigense, considerada una herejía por la Iglesia Católica, la cual se había implantado en la zona de Languedoc, en el sureste de Francia, en la región de los Cátaros. Años después, esta lucha contra los herejes cristalizó, bajo el papado de Gregorio IX, en el edicto 'Excomunicamos', norma eclesiástica que dictaba las normas que debían seguir los inquisidores (fundamentalmente franciscanos y dominicos), para acabar con las desviaciones de la doctrina católica. Había nacido la Inquisición.

Los inquisidores, nombrados directamente por el Papa, gozaban de la misma autoridad para juzgar a cualquier ciudadano, incluidos príncipes y nobles. En 1252 el Papa Inocencio IV autorizó la práctica de la tortura para extraer la verdad de los procesados, sospechosos de herejía (hasta entonces, este procedimiento había sido ajeno a la tradición canónica).

La Inquisición española se fundó con aprobación papal en 1478, a propuesta del rey Fernando V y la reina Isabel I (conocidos históricamente como los Reyes Católicos). Esta inquisición se iba a ocupar del problema de los llamados "marranos", esto es, los judíos que por coerción o por presión social se habían convertido al cristianismo.

Después de 1502 centró su atención en los conversos del mismo tipo del Islam y, en la década de 1520, persiguió a los sospechosos de apoyar las tesis del protestantismo luterano y, posteriormente, calvinista.

Cientos de personas murieron en la hoguera a lo largo de casi cuatro siglos hasta que, finalmente, en 1843 la Inquisición fue abolida en nuestro país.