Antes de ser directivo, Vilajoana fue jugador. Se formó en las categorías inferiores de La Masia y llegó a jugar con el Barça C. No pudo cumplir su sueño de jugar en el primer equipo y en 1994 se marchó a L'Hospitalet, donde estuvo hasta 1996, cuando fichó por la Gramanet. En 1997 volvió a la institución catalana, pero para jugar en el equipo de fútbol sala, en el que militó hasta 2001.