Durante la Guerra Civil Española, y también durante la dictadura, el régimen franquista justificó la represión como respuesta a los abusos que habían cometido "los rojos" contra "los nacionalistas". Pero lo cierto es que, desde las mismas elecciones de febrero de 1936, los militares golpistas comenzaron a diseñar un plan para hacer cambiar por la fuerza el resultado de las urnas. La violencia no se limita al golpe de Estado, sino que se diseña una auténtica estrategia de terror y represión. Las fosas del silencio es un documental que clama por mantener la memoria histórica y cuenta uno de los episodios más horripilantes de nuestra historia reciente: la ejecución y desaparición de miles de demócratas entre 1936 y 1939.

El reportaje está estructurado en dos capítulos, y se centra en tres zonas de España. En primer lugar Extremadura, donde a pesar de no haber guerra porque las tropas franquistas dominaron desde el primer momento, la represión quiso ser ejemplar para el resto del país. Después el equipo se trasladó a León, donde en los últimos meses se han concentrado la mayoría de actuaciones para exhumar los restos de desaparecidos enterrados en fosas comunes. Por último investigaron en Catalunya, donde la población civil siguió sufriendo las consecuencias de la represión a pesar de que la guerra ya estaba terminando. Las cámaras de Televisió de Catalunya se trasladaron sucesivamente a Zafra (Extremadura), a León y al Pallars (Cataluña) buscando testigos de aquella época, que poco a poco empiezan a perder el miedo y empiezan a hablar. En el Pallars, sin embargo, todavía existe un gran temor a hablar de estas cuestiones. El ejército asesinaba, pero los nombres de quienes tenían que morir los daba gente del pueblo, delatores que acusaban a sus vecinos.