这项研究介绍了一种名为 Stack 的单细胞基础模型，旨在克服现有模型在跨条件泛化和任务扩展方面的局限性。Stack 的核心创新在于引入了细胞上下文机制，通过捕获同一样本内细胞间的相互作用来增强单细胞表征。该模型在包含 1.89 亿个人类细胞 的大规模数据集上进行预训练，并采用创新的上下文学习架构，使其无需针对特定任务微调即可进行推理。通过名为“细胞提示工程”的技术，Stack 能够模拟细胞在未见过的药物或生物条件下的反应。研究人员利用该模型生成了 Perturb Sapiens，这是一个涵盖 28 个组织和 201 种扰动状态的全生物体虚拟图谱。实验证明，Stack 在细胞分类、批次整合以及扰动效应预测等任务中的表现均显著优于现有的单细胞基准模型。

References:

• Stack: In-Context Learning of Single-Cell Biology

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这项研究介绍了一个名为 ClockBase 的平台，该系统利用 AI 智能体 对数百万份人类与小鼠的公开分子数据进行自动化分析。研究团队通过 大型语言模型 构建了能模拟专家流的工作流，精准地评估了数万种干预措施对 生物学年龄 的影响。分析结果揭示了多种具备 抗衰老潜力 的药物和基因干预，其中特别验证了 欧巴因 (ouabain) 在老年小鼠实验中的显著疗效。实验证明，该药物不仅能降低 转录组年龄，还能改善心脏功能并减轻 衰老相关的虚弱感。总而言之，该工作展示了 人工智能 在大规模挖掘长寿干预措施及加速 精准抗衰老医学 发现方面的巨大潜力。

References:

• Autonomous AI Agents Discover Aging Interventions from Millions of Molecular Profiles
• doi: https://doi.org/10.1101/2023.02.28.530532

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这项研究构建了中国人群免疫多组学图谱（CIMA），填补了东亚人群在大规模单细胞免疫分析领域的空白。研究人员采集了428名个体的血液样本，利用单细胞RNA测序和单细胞ATAC测序技术，详细定义了73种免疫细胞类型及其复杂的调控网络。分析揭示了免疫特征如何受年龄、性别及遗传变异的影响，并识别出大量具有细胞类型特异性的定量性状位点（xQTL）。通过整合多种组学数据，该研究阐明了非编码区遗传变异如何通过调节特定免疫细胞的基因表达来影响类风湿性关节炎等疾病的易感性。此外，团队还开发了CIMA-CLM深度学习模型，能够精准预测非编码变异对染色质开放性的影响。这一成果为理解免疫调节机制提供了宝贵资源，并有望推动针对免疫相关疾病的精准医疗方案开发。

References:

• Yin J, Zheng Y, Huang Z, et al. Chinese Immune Multi-Omics Atlas[J]. Science, 2026, 391(6781): eadt3130.

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这项研究通过构建涵盖26种实体瘤类型的泛癌单细胞转录组图谱，深入解析了肿瘤微环境（TME）的高度复杂性与异质性。研究人员利用超过450万个高质量细胞的数据，根据免疫、骨髓和间质成分的精细组成，将所有肿瘤划分为10个稳定的分型。这些不同的分型在免疫检查点阻断（ICB）疗法的临床响应上表现出显著差异，其中T细胞富集型通常预示着更好的治疗效果。此外，研究揭示了特定巨噬细胞亚群在免疫激活中的关键作用，并识别出与耐药性相关的基质特征。这一分类框架不仅为识别能够从免疫疗法中获益的患者提供了科学依据，还为开发针对特定微环境特征的个性化治疗策略奠定了基础。

References:

• Pan-cancer tumor classification by a holistic tumor microenvironment atlas
• doi: https://doi.org/10.64898/2025.12.27.696641

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这篇文章介绍了 ChatNT，这是一种创新的多模态对话智能体，旨在通过自然语言界面解决复杂的生物学任务。该模型通过投影层将先进的 DNA 编码器与语言解码器相结合，使其能够理解并处理 DNA、RNA 和蛋白质序列。研究人员开发了一套涵盖多种物种和生物过程的指令微调数据集，使 ChatNT 在多项基准测试中达到了最先进的性能。与需要针对特定任务进行微调的传统模型不同，ChatNT 可以直接通过英文对话执行分类和回归任务，极大地降低了生物研究的门槛。此外，该研究还引入了困惑度校准技术来评估预测置信度，并证明了模型能够识别具有生物学意义的序列特征。这一成果为构建能够理解生命科学底层原理且易于使用的通用生物人工智能奠定了基础。

References:

• de Almeida B P, Richard G, Dalla-Torre H, et al. A multimodal conversational agent for DNA, RNA and protein tasks[J]. Nature Machine Intelligence, 2025: 1-14.

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这项研究介绍了一种名为 CREST 的创新型人造子宫内膜支架平台，旨在模拟人类胚胎植入的复杂生理过程。通过使用激素引导供体来源的基质细胞和上皮细胞进行分化，该系统成功再现了子宫内膜在月经周期中从增殖期向分泌期转变的关键形态与功能特征。研究证明，CREST 平台能够支持人类胚胎及类囊胚的高效着床与发育，其效果显著优于传统的二维或三维培养模型。利用单细胞转录组测序技术，科学家们揭示了早期植入阶段滋养层与母体组织之间的配体-受体相互作用，并证实了 AXL 信号通路对滋养层向基质扩展的重要性。这一跨学科研究成果不仅为深入探索早期妊娠的“黑箱”提供了实验载体，也为诊断不孕症和开发个体化治疗方案奠定了基础。

References:

• Modeling human embryo implantation in vitro
  Molè, Matteo A. et al.Cell, Volume 189, Issue 1, 87 - 105.e28

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这项发表在《Cancer Cell》上的研究揭示了IGLL5+ B细胞子集在膀胱癌及多种癌症中破坏三级淋巴结构（TLS）并导致免疫治疗耐药的机制。研究人员通过单细胞测序和空间转录组技术发现，此类B细胞通过IGLL5-LTβR配体-受体相互作用锚定于高内皮静脉（HEVs），进而抑制其非经典NF-κB信号通路，导致HEV功能障碍和TLS解体。这种结构的破坏阻碍了效应CD8+ T细胞的激活，使肿瘤产生免疫逃逸。临床实验表明，使用IGLL5中和抗体可有效恢复TLS形成，显著增强免疫检查点阻断疗法的疗效。该成果为攻克肿瘤免疫治疗耐药提供了全新的治疗靶点和策略。

References:

• Chen C, An M, Zheng H, et al. B cells disrupt tertiary lymphoid structure formation and suppress anti-tumor immunity[J]. Cancer Cell, 2026.

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这项研究探讨了前列腺癌如何通过SPOP基因突变逃避免疫系统的监测，并提出了一种联合治疗方案。研究发现，正常的SPOP蛋白能通过泛素化降解TREX1酶，从而促进细胞质内DNA积累并激活cGAS-STING免疫通路。然而，SPOP突变会导致TREX1异常堆积，迅速清除受损DNA，使肿瘤细胞即便在放射治疗后也无法触发免疫反应。为解决这一问题，研究者证明使用USP7抑制剂可以恢复TREX1的降解，增强肿瘤的免疫原性。最终实验证实，将USP7抑制剂、放射治疗与**免疫检查点阻断（ICB）**相结合，能显著提升前列腺癌的治疗效果并提高生存率。

References:

• Li L, Ye Q, Ma J, et al. Ubiquitination-directed cytosolic DNA degradation governs cGAS-STING-mediated immune response to DNA damage[J]. Cancer Cell, 2026.

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这项研究开发了一种名为 CLINK 的创新型生物打印技术，通过使用特殊的 OMHA 分子连接器 直接对细胞表面进行修饰。该技术突破了传统生物打印中细胞密度低且过度依赖生物材料支架的局限，能够制造出高达 10^9 cells/mL 的超高密度组织模型。利用数字光处理（DLP）打印技术，研究人员成功构建了功能性的神经回路、搏动的心脏微缩模型以及具有血管通道的肝脏切片。实验证明，这些支架极简化或无支架的结构具有极佳的生物相容性和功能性，能显著促进活体内的组织再生与伤口愈合。这一成果为疾病建模、药物筛选及再生医学提供了一种高度精确且具有临床应用潜力的标准化平台。

References:

• Wang M, Li W, Hao J, et al. Biomaterial-minimalistic photoactivated bioprinting of cell-dense tissues[J]. Cell, 2026, 189(1): 106-122. e26.

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这项前瞻性综述系统阐述了调节性T细胞（Treg）在生物学机制与临床转化方面的最新进展。文章深入探讨了Treg维持免疫耐受、促进组织修复及通过代谢重编程适应微环境的核心能力。作者强调，通过低剂量IL-2疗法、过继性Treg移植及CAR-Treg等前沿技术，该领域正经历从单纯的免疫抑制向精准免疫重建的模式转变。研究特别关注了Treg在治疗自身免疫病和神经退行性疾病（如阿尔茨海默病、肌萎缩侧索硬化症）中的潜力。尽管在细胞生产规模、 lineage稳定性及长期安全性方面仍面临挑战，但Treg作为“活药”为实现疾病长期缓解提供了新路径。该综述最终为开发下一代精准免疫公差策略制定了整合基础研究与临床洞察的路线图。

References:

• Zou, Chengyu et al. Next steps in regulatory T cells: Biology and clinical application. Cell, Volume 189, Issue 1, 6 - 22

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