En 1831, en un registro de su casa, Ramón Pedrosa y Andrade, comisionado especial para las causas de conspiración contra la Seguridad del Estado, una especie de policía política, requisa una bandera de dos metros por uno aproximadamente, hecha en tafetán morado, en la que había cosido un triángulo verde, los dos colores del concepto de Oriente masónico y en la que se había bordado en hilo rojo el lema liberal Igualdad, libertad y ley. Aunque erróneamente se le atribuyó como bandera nacional según su propia leyenda, su significado político fue el mismo. Es arrestada, acusada de conspiración o insurrecta, e inmediatamente encarcelada.

En una de sus reuniones en Gibraltar se le había encargado coser y tejer la bandera, pero como ella no sabía bordar, encargó la tarea a dos criadas. Una de ellas tenía relaciones con un clérigo liberal y vio el bordado, víctima de su propia devoción partidista advirtió a su padre realista, el doctor Julián Herrera, que moderase su fervor absolutista ya que la revolución era inminente. Este lo denunció y Pedrosa, detrás de Pineda durante muchos años, la detuvo bajo arresto domiciliario mientras obligaba a esconder la bandera en la casa para que la policía obtuviera así la prueba del delito.

Intenta escapar disfrazada de anciana, pero es detenida de nuevo y encerrada en el convento de Santa María Egipciaca de Granada, que utilizado originariamente para rehabilitar prostitutas había degenerado en una cárcel común para mujeres. Durante el juicio, Pedrosa, quien se le había insinuado, enamorado o confundido por la libertad sentimental de Pineda, intenta convencerla de que delate a sus cómplices a cambio de perdonarla, pero ella se niega. Finalmente, tras un juicio lleno de irregularidades, Fernando VII firma su sentencia de muerte en base al artículo número 7 del decreto de 1 de octubre de 1830.

En la víspera, escribió un testamento y una carta a sus hijos para decirles que moría dignamente por la Libertad y la Patria, pero fueron requisados por subversivos. Antes de acostarse, debían cambiarle el vestido para evitar que escondiera nada, lo cual aceptó si, tras su muerte, lo picaban con unas tijeras para evitar que desnudaran el cadáver para quitarle el vestido. Sin embargo rechazó que le quitaran las ligas para evitar que se ahorcara antes, y aunque aceptó el cambio de vestido no aceptó quitarse las medias: Jamás consentiré ir al patíbulo con las medias caídas.

El 26 de mayo es conducida a la Plaza del Triunfo donde es ajusticiada públicamente mediante el brutal garrote vil.