Durante su estancia en Egipto, Bonaparte siguió de cerca los asuntos europeos, obteniendo información principalmente de los periódicos y despachos que le llegaban irregularmente. El 23 de agosto decide sorpresivamente embarcarse hacia Francia, aprovechando una relajación temporal del bloqueo a los puertos franceses por parte de la flota británica.

Aunque posteriormente fue acusado por sus oponentes políticos de abandonar a sus tropas, su partida había sido debidamente autorizada por el Directorio, que había sufrido una serie de derrotas militares contra las fuerzas de la Segunda Coalición, formada por la alianza de Gran Bretaña con Austria, Rusia, Nápoles y Portugal, temiendo una inminente invasión.

Cuando llegó a París en el mes de octubre, la situación militar había mejorado tras varias victorias sobre el enemigo. La República, sin embargo, estaba en bancarrota y el Directorio, corrupto e ineficiente, estaba en su nivel más bajo de popularidad.

Uno de los Directores, Sieyes, pidió a Bonaparte su respaldo para ejecutar un golpe de estado contra la Constitución existente. La trama involucraba también al hermano de Bonaparte, Lucien, quien se desempeñaba como cabeza del Consejo de los Quinientos, a otro Director, Roger Ducos y a Talleyrand. El 9 de noviembre (18 de Brumario) y en el día siguiente, tropas dirigidas por Napoleón tomaron control y dispersaron a los consejos legislativos, quedando Bonaparte, Sieyes y Ducos como Cónsules provisionales que regirían al gobierno. Si bien Sieyes pretendía dominar el nuevo régimen, Bonaparte se le adelantó redactando la Constitución del Año VIII, asegurando su elección como Primer Cónsul. Esto le convirtió en la persona más poderosa de Francia, poder que se incrementaría en la Constitución del Año X, cuando logró nombrarse Primer Cónsul vitalicio.