La ciudad de los piratas recuerda lo que sucedió en la ciudad jamaicana de Port Royal el 7 de junio de 1692, cuando este enclave, favorito de los corsarios, sucumbió a consecuencia de un terremoto y una sucesión de tsunamis. El documental reconstruye los hechos y recupera la relevancia histórica y la configuración de la ciudad.

Tras la toma de los británicos de la Isla de Jamaica a mediados del siglo XVII, Port Royal se consolidó rápidamente como uno de los principales puertos del Caribe por su intensa actividad comercial y por ser la sede del gobierno colonial, pero también porque en ella pululaban a sus anchas los corsarios protegidos por los británicos para que se convirtieran en la pesadilla de los navíos comerciales franceses y sobre todo españoles, a los que atacaban sistemáticamente en la línea marítima que los buques de la corona española tenían con Panamá.

Pero Port Royal no solo ha pasado a la historia por las historias de piratas. En realidad, la ciudad, cuyas dos terceras partes se hallan hoy en día hundidas bajo su bahía, fue víctima en el citado año de 1692 de un gran terremoto y una serie de tsunamis posteriores que destruyeron la barrera de arena de protección, dejando que el mar penetrara en la ciudad hasta prácticamente sumergirla, sin embargo, no a destrozarla. En contra de lo que pudiera parecer, Port Royal permanece intacta bajo las aguas del Caribe para deleite de los arqueólogos marinos.

Ahora, con acceso exclusivo a uno de los lugares de exploración bajo agua más importantes en el hemisferio oeste, Nat Geo se sumerge bajo las olas y resucita una ciudad pirata hundida. Un especial que revela cómo Port Royal se convirtió en uno de los sitios más infames del mundo y cayó en el olvido. Nat Geo se une a un equipo internacional de científicos marinos para crear un modelo 3-D CGI detallado de la ciudad en su auge.