پس از کشته شدن محسن فخری‌زاده چه کسی ؛ پروژه هسته‌ای جمهوری اسلامی به عنوان مهم‌ترین و امنیتی‌ترین پروژه جمهوری اسلامی را اداره و مدیریت می‌کند. مثلثی از سه تن یعنی محمد اسلامی رییس سازمان انرژی اتمی به عنوان مدیر پروژه غنی‌سازی اورانیوم؛ سعید برجی به عنوان مسوول پروژه چاشنی انفجاری و در نهایت رضا مظفری‌نیا سردار ارشد سپاه پاسداران به عنوان رییس سازمان سپند در راس این کار هستند و شواهد و قرائن نشان می‌دهد فرماندهی عالی پروژه ساخت سلاح هسته‌ای خامنه‌ای، زیر نظر رضا مظفری‌نیا قرار دارد که در عالی‌ترین سطح به خامنه‌ای پاسخگو است.