Eine Geschichte von Freundschaft und Erwachsenwerden. Im Mittelpunkt von "Left Behind" stehen die Ereignisse und Beziehungen, die Ellies Erleben prägen und schließlich ihren Charakter zu dem Menschen formen, der sich in der Hauptkampagne von "The Last of Us" an der Seite Joes beweist. In "Left Behind" übernimmt der Spieler die Rolle von Ellie, die zu den beliebtesten Hauptfiguren des Jahres 2013 zählt und erlebt die Beziehung zu dem Menschen, der ihr besonders viel bedeutet: Riley, ihre besten Freundin und Mentorin. "Left Behind" begleitet die beiden, als sie nach Ausbruch der Krankheit das Militärinternat in der Quarantänezone von Boston besuchen. Beide stehen dabei vor der Entscheidung sich der Rebellengruppe Fireflys anzuschließen oder in der staatlich angeordneten Quarantänezone zu bleiben.