Este documental reúne todo el material cinematográfico conocido sobre los sucesos del 2 de octubre de 1968. Identifica a los jefes militares que provocaron la matanza y exhibe documentos fundamentales para poner en evidencia los mecanismos utilizados por las fuerzas represivas y por el gobierno en contra del movimiento estudiantil.

Tlatelolco: Las claves de la masacre es la culminación de una investigación de cuatro años en busca de las claves del operativo militar que dio lugar a la masacre de la Plaza de las Tres Culturas.