西班牙的史料記錄多著重於報告傳教業務，對於教堂建築形制、規模及其座落幾乎隻字未提，荷蘭人所繪製的地圖，反而給後人更多關於教堂位置的線索。依據荷蘭史料顯示，東印度公司擊敗西班牙勢力時，曾將島上的西班牙俘虜四百餘人暫時囚禁於教堂之中；《熱蘭遮城日誌》中亦記錄了東印度公司佔領雞籠初期，公司士兵暫居於教堂與修道院的情況。由此可推論至少直至西班牙人離去的1642年，諸聖教堂已成為一座能夠收容軍隊、面積龐大且堅實的建築。目前挖掘出的範圍，可能僅是教堂的一處。

一般教堂多是坐東朝西，諸聖教堂卻是座北北東朝南南西，面向正濱漁港的方向。主要牆體之外，於教堂的正後方與兩側，五處與主牆外側相連的扶壁結構 也清楚呈現。扶壁的主要功能在於支持主牆結構，讓建築更堅固。西班牙人在 亞洲建的教堂，除了宗教用途之外，通常也是敵人來襲時全村躲避禦敵之所， 因此多有扶壁設計。此外，扶壁也有防震的功能。扶壁以外，我們由東側突出的一小段牆可推測，教堂除了中殿之外，可能東側側邊另有房間，作為傳教士起居之用的修道院，也許為與教堂相連的複合建築。

教堂實際的建築形態與外觀，僅憑挖掘出的遺構，實在難以推斷。但是就目前發掘的狀況來看，發現諸聖教堂為一座以石材為主要建材，且具有一定規模的建築，然而和平島本身並不出產石頭，眼前的石造基座是如何出現的?

眼前的長方形磚造結構為日治時期的化糞池，這個結構打破教堂層位，可見當時位於此地的日本造船廠宿舍建築直接利用露出的教堂石材表面建造，並未加以破壞。

一切從海開始，海浪湧起了基隆四百年的歷史，順著海港而入，來往此地的人們留下足跡，堆疊成豐厚的文化肌理，形塑了這座城市開闊且包容的性格。您所處的歷史現場乘載著過去人們生活的軌跡，更是當代與歷史時空相連的魔幻場域。

聆聽清華大學考古團隊挖掘諸聖教堂遺址的精采過程

一般基督信仰的埋葬方式有兩種：最理想的埋葬方式為與教堂座象平行、頭向大門、腳向祭壇；另一種則是與教堂垂直、頭轉向祭壇方向。

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