医学遗传前沿

本期节目，我们请到了来自美国贝勒医学院人类基因组测序中心的郑欣畅博士，一起聊一聊三代测序在基因组结构变异分析中的重要作用，并介绍他们团队最新的工作STIX：结构变异注释工具。

01:48 郑欣畅博士在中国科学院北京基因组所的一些工作

06:29 结构变异研究的重要科学问题：如何准确计算人群频率？

09:25 STIX软件的开发

13:57 使用long-read数据对STIX进行升级

20:14 大家应该如何使用STIX工具注释自己的结构变异

国家生物信息中心数据库概览：https://www.cncb.ac.cn/

STIX preprint paper：https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.09.30.615931v1

STIX API：https://github.com/zhengxinchang/stix_web_frontend

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本期节目，我们请到了Genetics in Medicine（GIM) open杂志的主编，来自美国贝勒医学院的袁博教授一起聊一聊GIM open杂志创办的缘起，杂志运行的日常，以及对作者的一些建议，欢迎大家多多投稿！同时，我们也交流了袁博教授在贝勒医学院人类基因组测序中心的工作方向以及对于医学遗传学新技术及人工智能应用的愿景~

00:41 GIM open杂志创办的缘起

04:15 杂志运行的日常

13:40 对作者的一些建议

18:25 贝勒医学院人类基因组测序中心

25:10 AI+遗传咨询

GIM open杂志: https://www.gimopen.org/

American College of Medical Genetics (ACMG): https://www.acmg.net/

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本周跟大家分享一篇新鲜出炉的文献：

Fair, B. et al. Global impact of unproductive splicing on human gene expression. Nat. Genet. 1–11 (2024) doi:10.1038/s41588-024-01872-x.

来自芝加哥大学的研究团队通过最新的nascent RNA-seq（naRNAseq）技术，定量分析了mRNA剪切这个重要生物学过程的“良品率”到底有多高，mRNA剪切的失误对基因表达有何影响，是否可以作为潜在药物靶点~

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本期节目，和来自美国爱因斯坦医学院的宫昌林（Charlie）博士，一起聊一聊在美国做内科住院医生的轮转计划，工作安排，以及职业发展轨迹~

00:28 考U和match经验分享

04:10 内科住院医师轮转安排

06:12 内科住院医师标准的一天生活

17:55 work life balance

19:05 医生职业发展轨迹

23:22 科研对于职业发展的重要性

25:29 不同类型医院的职业发展

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很多生物医药人儿都会考虑毕业之后从学术界跨入业界，但是因为信息不对称感到迷茫。

本期节目，和高手咨询的创始人高举先生，跟大家一起聊一聊从学术界向业界转型的方法论和注意事项。

1:00 业界可能的职业选择

03:21 如何获取职位信息

12:58 应该提前做哪些准备？

17:07 从象牙塔迈入职场的适应

22:10 职业发展路径

25:04 跳槽与工作变动，裁员

如果需要与猎头联系，欢迎联系高举先生微信GaoshouWill

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本期节目，我们请到了来自美国西北大学的赵恒强博士，一起探讨三维基因组的测序方法的由来，对于临床诊断和治疗的潜在应用，以及未来的发展方向。

01:38 什么是三维基因组？

04:50 什么是Hi-C技术

09:10 如何优化三维基因组分析的运算量

10:30 三维基因组的下游分析：染色体疆域；AB compartment；拓扑结构域（TAD）；染色质环（enhancer-promoter相互作用）

14:48 三维基因组在医学遗传中的应用

18:50 三维基因组在治疗中的应用

20:13 能否通过人工智能预测三维基因组结构

23:36 恒强实验室的最新研究进展

TAD：拓扑结构域（英语：Topological domains）或称为拓扑相关结构域（Topologically associating domains，简称TAD）是染色质亚结构的学术名称

Hi-C技术：https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/22652625/

从epigenetic数据直接预测三维基因组图谱的工具：

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本期节目，和来自美国贝勒医学院的遗传咨询师Nhi Ho，一起聊聊如何在美国成为遗传咨询师，及这个行业的现状和未来~

随着遗传咨询培训项目以及就业岗位的迅速发展，遗传咨询在中美都是非常有前景的职业发展选择！

00:51 What is genetic counseling?

04:52 Genetic counseling training programs

07:58 Certification exam

14:32 Requirement to apply for genetic counseling training programs

19:22 Working on research and clinical sides of genetic counseling

21:28 What makes a good genetic counselor

23:29 New technologies and AI in genetic counseling

Baylor College of Medicine Genetic Counseling Program：https://www.bcm.edu/education/school-of-health-professions/genetic-counseling-program

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你是否正在考虑来美国做博后？或者正在准备的过程中？

本期节目， 由主播本人独自为大家介绍美国生物医药博后的职业定位，求职技巧，准备工作，以及前前后后的一些事儿~

01:04 什么是博士后工作

02:02 什么样的人适合或者不适合来美国做博后？

07:30 博后的申请过程和技巧

10:37 签证类型

15:00 博后登陆准备

17:47 博后工作节奏

21:18 博后职业发展

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本期节目，我们请到了来自中国医学科学院肿瘤医院/国家癌症中心的贾梓淇大夫，一起盘点2024年上半年医学遗传领域的一些有趣的文章和事件！

01:03 Timothy syndrome的ASO小核酸药物开发和临床前研究 https://www.nature.com/articles/s41586-024-07310-6

09:46 胚系突变通过免疫编辑影响乳腺癌亚型及转移风险 https://www.science.org/doi/10.1126/science.adh8697

20:13 FDA准备摒弃LDT优待，对基因检测市场的影响 https://www.fda.gov/news-events/press-announcements/fda-takes-action-aimed-helping-ensure-safety-and-effectiveness-laboratory-developed-tests

26:58 乳腺癌多基因变异对治疗敏感性的影响，基因型表型关联 https://www.cell.com/cancer-cell/abstract/S1535-6108(24)00091-6

37:33 我今年发表的脊柱畸形研究的小NC，及文章背后的故事  https://www.nature.com/articles/s41467-024-45442-5

44:40 ASCO近期发布的的实体瘤胚系基因检测指南  https://ascopubs.org/doi/10.1200/JCO.24.00662

Antisense oligonucleotide (ASO): 反义寡核苷酸(ASOs)被定义为化学合成的寡核苷酸，通常长度为12-30个核苷酸，目的是通过Watson-crick碱基配对规则与RNA结合。 www.wikiwand.com

HER2 阳性乳腺癌是一种被称为人表皮生长因子受体 2（HER2）的蛋白质检测呈阳性的乳腺癌。这种蛋白质对癌细胞的生长有促进作用。每 5 名乳腺癌患者中大约有 1 名患者的癌细胞中含有用于制造 HER2 蛋白质的额外基因拷贝。HER2 阳性乳腺癌通常比其他类型的乳腺癌更具侵袭性。

遗传性乳腺癌预测模型Dr.ABC: genomemedicine.biomedcentral.com

LDT，全称为实验室自主研发的检测项目（Laboratory Developed tests），是一种区别于已经获得上市批准的商业化体外诊断试剂（in Vitro Diagnostic，“IVD”）的产品，最初起源于美国。由于市场上缺少诊断特定疾病的已上市试剂产品，一些临床实验室选择发展和使用LDT。1988年，美国国会通过了临床实验室改进修正法案（Clinical Laboratory Improvement Amendments，CLIA），在法规层面明确允许临床实验室研发和使用LDT。

对于节目有任何问题和建议，或者想来一起聊天，介绍自己最新的工作，都欢迎联系我！

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本期节目，我们请到了来自美国哥伦比亚大学医学院的钟国杰，一起讨论基因突变功能预测，一个医学遗传中至关重要的问题。国杰首先为大家介绍了基因突变功能预测工具的历史发展过程和各个阶段的代表性工具。之后我站在临床的角度分享了临床解读中突变预测的实际应用。最后国杰介绍了他最新的科研工作PreMode，该算法可以区分功能缺失（loss-of-function）和功能获得（gain-of-function）突变，帮助精准诊断。期待国杰的新作问世！

01:00 北大元培的生信入门

02:10 我们为什么要进行突变功能预测

04:03 突变预测工具历史发展过程及代表性工具

12:31 临床解读中突变预测工具的实际应用

17:52 国杰最新的科研工作PreMode

突变预测工具历史发展

第一个阶段是完全Biological Inspired Annotation，代表的工具是SIFT和Polyphen

第二个阶段开始加入machine learning等技术，但是feature完全来源于Biological Inspired annotation，代表作是CADD, REVEL以及MPC。

第三个阶段开始加入deep learning等技术。代表作是2018年的PrimateAI，2021年的EVE，2021-2022年的ESM，2022年的gMVP，2023年的AlphaMissense。

国杰的PreMode工作 www.biorxiv.org

Alphafold3 www.nature.com

突变预测工具整合临床应用 https://linkinghub.elsevier.com/retrieve/pii/S000292972200461X

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