הגמרא מביאה שתי מימרות סותרות של רב בנוגע לאכילת איבר המדולדל בבהמה. במימרא אחת רב פוסק שאכילתו כרוכה במלקות, ובשנייה הוא פוסק שאינו לוקה. רב יוסף מיישב את הסתירה ומסביר: אם הבהמה מתה, המיתה נחשבת כמנתקת את האיבר מהגוף מבחינה הלכתית (עושה ניפול), דבר שמגדיר אותו למפרע כאיבר מן החי ומחייב במלקות. לעומת זאת, אם הבהמה נשחטה, השחיטה אינה נחשבת כמנתקת (אינה עושה ניפול), ולכן האיבר אינו נידון כבפני עצמו והאוכלו פטור ממלקות. רבא מביא מקור מקראי להבחנה זו בין מיתה לשחיטה, והגמרא מקשה שתי קושיות על הוכחתו אך מיישבת את שתיהן.
רב חסדא ורבה חולקים האם המחלוקת בין רבי מאיר וחכמים – בשאלה האם שחיטה עושה ניפול באיבר של עובר שיצא לחוץ – חלה רק כשהעובר חי, או שמא גם כשהעובר מת. רב חסדא סובר שכאשר העובר מת, האיבר שיצא לחוץ ודאי נחשב כמנותק ומטמא.
במהלך המשא ומתן בין חכמים לרבי מאיר במשנה, נאמר כי שחיטה אינה מטהרת עובר בן שמונה חודשים מטומאתו כיוון שאינו בר קיימא, שהרי אין שום סוג של עובר בן שמונה חודשים ששחיטתו מועילה לו. מנגד, ברייתא אחרת קובעת שישנם עוברים בני שמונה חודשים ששחיטה מתירה אותם. רב כהנא מיישב זאת ומחלק בין שחיטה ישירה של העובר עצמו לבין היתרו מכוח שחיטת אמו (בן פקועה).
רב הושעיא שואל שאלה האם ניתן לשחוט עובר בן תשעה חודשים חי בעודו ברחם אמו. שאלה זו נבחנת הן לשיטת רבי מאיר והן לשיטת חכמים. רב חנניה מנסה להביא תשובה לשאלה זו מברייתא, אך תשובתו נדחית על ידי רבא.
המשנה מציגה מחלוקת בדיני בן פקועה והאם הם חלים על עובר בן תשעה חודשים שכלו לו חדשיו ונמצא בבטן אמו השחוטה. רבי מאיר סובר שדיני בן פקועה אינם חלים במקרה זה, והעובר טעון שחיטה עצמאית. לעומת זאת, חכמים ורבי שמעון שזורי פוסקים שכל עוד העובר נמצא בתוך הרחם, הוא נכלל בדיני בן פקועה ונותר מותר מכוח שחיטת אמו.
מתוך נקודת הנחה כשיטת חכמים, מביא רבי אלעזר בשם רבי הושעיא כי שחיטת האם מועילה לבהמה שנולדה מרחם זה לעניין הלכות אכילה בלבד, ואילו בשאר הלכות היא נידונה כבהמה עצמאית לכל דבר ועניין. הגמרא מציגה שתי גרסאות למה בדיוק באה למעט מימרתו של רבי הושעיא: הגרסה הראשונה מציעה שהיא באה למעט את חלבו וגידו של הוולד, ואילו הגרסה השנייה מציעה שהיא באה למעט איסורי כלאיים (שבהמה זו חייב בכלאים כמו כל שאר בהמות). הגרסה הראשונה נדחית בסופו של דבר על סמך מקורות אחרים, והגרסה השנייה נותרת כהסבר המועדף.
רבי יוחנן וריש לקיש חולקים בשאלה האם גם דמו של בן פקועה בן תשעה חודשים לפי שיטת רבי יהודה (חכמים) מותר באכילה. רבי יוחנן מקשה קושיה אחת על שיטת ריש לקיש, והגמרא מיישבת אותה.
שאלה נשאלת: האם ניתן לפדות פטר חמור בשה שהוא בן פקועה. דבר זה שנוי במחלוקת רמר זוטרא ורב אשי.
שאלה שנייה: האם בן פקועה שנמצא עדיין ברחם אמו נחשב כגוף עצמי ונפרד לעניין הלכות טומאה וטהרה. דבר זה שנוי במחלוקת בין רבי יוחנן לריש לקיש, וכל אחד מהם מקשה קושיה על עמדת חברו.