El Gobierno de Zapatero intentó frenar las detenciones de la red de extorsión conocida como 'caso Faisán' durante el alto el fuego de ETA en 2006, según revelan las actas incautadas a la banda terrorista en una investigación de The Objective. La documentación evidencia que el Ejecutivo trató de paralizar las operaciones policiales en pleno proceso de negociación con los terroristas.

Jesús Eguiguren, emisario del Gobierno en las conversaciones, admitió durante una reunión en Ginebra que habían solicitado a Policía, Guardia Civil y otros cuerpos de seguridad que no realizasen arrestos, aunque reconoció que estas órdenes "no podían darse por escrito" para evitar responsabilidades legales posteriores.

Sin embargo, el entonces juez de la Audiencia Nacional Fernando Grande-Marlaska ordenó detener a trece etarras vinculados al cobro del denominado "impuesto revolucionario", generando fuertes tensiones entre el Ejecutivo y la judicatura. Esta decisión judicial contradijo directamente las instrucciones extraoficiales del Gobierno.

Los interlocutores de ETA interpretaron la operación policial como una prueba evidente de que el Gobierno continuaba con la "represión", acusando directamente a Zapatero de incumplir los compromisos alcanzados en las negociaciones secretas. La desconfianza mutua se instaló definitivamente en el proceso.

El equipo de Eguiguren defendió que se trataba de un "accidente" que no pudieron evitar, pero el daño ya estaba hecho. El proceso de paz entró en crisis definitiva, con crecientes exigencias de la banda sobre presos y la doctrina Parot. La negociación quedó finalmente rota tras el atentado de la T-4 de Barajas en diciembre de 2006, donde fallecieron Carlos Alonso Palate y Diego Armando Estacio.