Protagonista de sus cuadros es la Humanidad que incurre en el pecado y es condenada al infierno; la única vía que parece sugerir el artista para redimirse se encuentra en las tablas con vidas de santos, cuyas vidas dedicadas a la meditación deben ser modelo de imitación, aunque estén rodeados por el Mal. Ejemplo son las tablas con la Pasión de Cristo a través de la meditación sobre las penas sufridas por Cristo, para rescatar al género humano del pecado universal. En los últimos años de su actividad su estilo cambia, pintando cuadros con un menor número de figuras pero de mayor tamaño que parecen sobresalir del cuadro y acercarse al observador.

El Bosco no fechó ninguno de sus cuadros y solo firmó algunos. El rey Felipe II de España compró muchas de sus obras después de la muerte del pintor; como resultado, el Museo del Prado de Madrid posee hoy en día varias de sus obras más famosas.