El viaje del Samurai muestra la misión de la embajada diplomática de Keicho de solicitar la apertura de relaciones comerciales con Nueva España (México) y el envío de misioneros a Japón. Tras el rechazo de sus pretensiones, la embajada estableció a varios miembros de la misión en Coria del Río (Sevilla), donde sus cerca de 700 descendientes conservan con orgullo el apellido Japón.

La aventura del documental está protagonizada por una extraña pareja: el samurái Hasekura Tsunenaga y el franciscano de Sevilla Fray Luis Sotelo, que pese a las grandes diferencias culturales que los separaban supieron trabajar por el objetivo de tender lazos comerciales entre los dos países. Este hecho histórico, desconocido para muchos, está considerado una de las grandes epopeyas del siglo XVII español.