Trots att Lightoller pensionerats från flottan fick han 1939 en förfrågan från brittiska amiralitetet om han inte som civilperson kunde ta sin motoryacht för att spionera på tyska kustinstallationer vid nordsjökusten. Han tackade ja till detta uppdrag och genomförde det. Sedan fick han återigen användning för sin motoryacht vid evakueringen av Dunkerque 1940.