Martin Pepper inicia su viaje con un objetivo: demostrar que la Atlántida existió en lo que hoy es la isla griega de Santorini antes de que fuese destruida por la erupción volcánica más grande de la Historia. Para ello se sirve de nuevas pruebas científicas obtenidas a partir de un escaneo por sonar del fondo marino y un análisis microscópico de su antiguo ecosistema. Pero Pepper también debe comprobar si Santorini encaja con la descripción original que se hizo de la Atlántida a cargo de Platón: desde la extraña forma anular de la ciudad hasta el papel que jugaron los sacerdotes egipcios que registraron la leyenda por primera vez. El viaje del geólogo lo llevará a través del mar Mediterráneo y hasta el océano Atlántico, y al final del programa nos mostrará los asombrosos hallazgos que podrían por fin ubicar la Atlántida de forma precisa y contarnos cómo era.